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Performance Evaluation of A Molecular Dynamics Code on Multi-core Systems

멀티 코어 시스템에서의 분자 동역학 코드 성능 분석

  • Cha, Kwangho (National Institute of Supercomputing and Networking, Korea Institute of Science and Technology Information)
  • 차광호 (한국과학기술정보연구원 국가슈퍼컴퓨팅연구소)
  • Published : 2013.05.10

Abstract

멀티 코어 시스템의 보급으로 일반 시스템에서도 프로그램의 병렬 실행이 가능해지고 있다. 본 연구에서는 멀티 코어를 사용하는 단일 시스템에서 분자 동역학 코드인 LAMMPS를 대상으로 병렬 수행 성능을 확인하고 분석하여 효과적인 실행 조건을 살펴보았다. LAMMPS의 구조적인 특징과 공간 분할 방식의 사용으로 인하여 단일 시스템에서도 메시지 전달 방식에 의한 병렬 수행이 보다 효율적임을 확인할 수 있었다.

Keywords