Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)
- 2014.11a
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- Pages.669-671
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- 2014
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- 2005-0011(pISSN)
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- 2671-7298(eISSN)
DOI QR Code
Recent Trends in RNA-Seq Alignment Algorithms
RNA-Seq 정렬 알고리즘의 동향
- Yu, Seunghak (Dept. of IT Convergence, Korea University) ;
- Choe, Min-Seok (Dept. of Electrical and Computer Engineering, Seoul National University) ;
- Yoon, Sungroh (Dept. of Electrical and Computer Engineering, Seoul National University)
- Published : 2014.11.05
Abstract
High Throughput Sequencing (HTS) 기술의 발달로 인해 시퀀싱 비용이 감소함에 따라 다양한 분야에서 이를 활용한 융합 연구가 활발하게 진행되고 있다. HTS 기술에서 가장 중요한 부분은 수백만개의 short read 들을 표준유전체 (reference genome)에 정렬시키는 것인데 RNA 시퀀싱 (RNA-Seq) 의 경우 RNA splicing 으로 인해 일반적인 aligner 로 처리가 불가능하다. 복잡한 RNA-Seq 정렬 문제를 해결하기 위해 그동안 다양한 알고리즘들이 제안되어 왔다. 본 논문에서는 RNA-seq 정렬분야에서 잘 알려진 알고리즘들과 최신 알고리즘들을 살펴봄으로써 RNA-seq 정렬 알고리즘의 동향을 살펴보고자 한다.
Keywords