Proceedings of the Korea Information Processing Society Conference (한국정보처리학회:학술대회논문집)

  • 2018.10a
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  • Pages.50-53
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  • 2018
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  • 2005-0011(pISSN)
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  • 2671-7298(eISSN)
Korea Information Processing Society (한국정보처리학회)
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An Efficient Parallelization Mechanism for Preprocessing of Genome Sequence Data on HPC environment

고성능 클러스터와 분산 병렬 파일 시스템을 이용한 유전체데이터 전처리 작업의 효율적인 병렬화 기법

  • Byun, Eun-Kyu (Korea Institute of Science and Technology Information) ;
  • Mun, Ji-hyeob (Korea Institute of Science and Technology Information) ;
  • Kwak, Jae-Hyuck (Korea Institute of Science and Technology Information)
  • Published : 2018.10.31
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Abstract

차세대 염기서열 분석법이 생성한 유전체 원시 데이터를 기존의 방식대로 하나의 서버에서 분석하기 위해서는 수십 시간이 필요할 수 있고 이러한 시간을 최대한 줄여야 하는 응급 상황도 존재한다. 따라서 본 연구에서는 고속의 네트워크로 연결되고 병렬 파일 시스템을 공유하는 서버 클러스터를 활용하여 분석 시간을 크게 단축 시킬 수 있는 유전체 데이터 분석의 전처리 프로세스의 병렬화 방법을 제안한다. 기존의 검증된 분석도구를 기반으로 프로세스의 병렬화, 데이터의 분배 및 병렬 병합 기법을 개발하였고 실험을 통해 성능을 향상 시킬 수 있음을 증명하였다.

Keywords

Acknowledgement

Grant : 빅데이터 처리 고도화 핵심기술개발 사업 총괄 및 고성능 컴퓨팅 기술을 활용한 성능 가속화 기술 개발

Supported by : 정보통신기술진흥센터, 한국과학기술정보연구원