DOI QR코드

DOI QR Code

Graded Noise Elimination and Cluster Boundary Extraction in Confocal Sliced Images

공초점 단층 이미지에서 수준별 잡음제거와 클러스터 경계선 추출

  • Received : 2011.09.26
  • Accepted : 2011.10.17
  • Published : 2011.12.31

Abstract

In tissue engineering area, researchers observe symbiotic relationship such as proliferation, interaction, division apoptosis with time between cells in process of the 3D cell culture in hydrogels. The 3D cell culture process can be taken photographs into sliced images using confocal microscope. Symbiotic mechanism and changes of cell behaviors can be observed and analyzed from the images acquired by confocal microscope. In this paper, we proposed and developed graded noise elimination method and cluster boundary extraction method to extract boundaries information from sliced confocal images acquired in process of the 3D cell culture in hydrogels. The experiment based algorithm showed excellent performance for eliminating noises that have very small millet-shaped size. It is also showed to extract exact boundaries information for even complex clusters.

조직 공학에서는 하이드로 젤 내 3차원 세포 배양 과정에서 세포와 세포간의 공생관계를 관찰하게 되는데, 시간이 경과함에 따라 세포들의 증가나 상호작용, 분화, 사멸되는 과정들을 고배율 공초점 현미경을 이용하여 단층 촬영하고, 촬영된 이미지들로부터 세포의 공생 메커니즘이나 변화 과정을 관찰 및 분석하기 위한 연구가 진행되고 있다. 본 연구에서는 하이드로 젤 내 3차원 세포 배양 과정에서 단층 촬영된 세포 이미지로부터 클러스터 경계선 정보를 추출하기 위한 수준별 잡음 제거 방법과 클러스터 경계선 추출 방법을 제안하였다. 실험을 통해 제안된 방법은 하이드로젤로 인한 좁쌀 모양의 잡음에 뛰어난 잡음 제거 성능을 보여 줄 뿐만 아니라 복잡한 클러스터들에 대해서 도 정확한 클러스터 경계선을 추출함을 보여 주었다.

Keywords

References

  1. H. Refai et al. "Automatic count of hepatocytes in microscopic images", ICIP, IEEE, Vol. 2, pp. 1101-1104, 2003
  2. Ryoma Bise et al., "Reliable Tracking Partially Overlapping Neural Stemm Cells in DIC Microscopy Image Sequences," MICCAI Workshop on Optical Tissue Image analysis in Microscopy, Histopathology and Endoscopy Imperial College London, September 24, pp. 67-77, 2009.
  3. Li, K., Miller, E.D., Chen, M., Kanade, T., Weiss, L.E., Campbell, P.G.: Cell population tracking and lineage construction with spatiotemporal context. Med. Image Anal. 12(5) pp.546-566, 2008. https://doi.org/10.1016/j.media.2008.06.001
  4. Al-Kofahi, O., Radke, R.J., Goderie, S.K., Shen, Q., Temple, S., Roysam, B.: Automated cell lineage construction: A rapid method to analyze clonal development established with murine neural progenitor cells. Cell Cycle 5(3) pp.327-335, 2006. https://doi.org/10.4161/cc.5.3.2426
  5. Gonzalez and Woods, Digital Image Processing, Prentice Hall, 2008.