• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2003.04a
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• pp.638-640
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• 2003

최근 바이오인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리와 변환에 어려움이 많다. 본 논문에서는 이러한 문제점을 해결하기 위하여 바이오인포매틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 다양한 XML 포맷들 중에서 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고, Genbank 파일을 변환하여 관계형 데이터베이스에 저장하는 모듈을 개발한다. 또한 관계형 데이터베이스 형태의 유전체 데이터를 BSML 형태로, Genbank 파일 형태를 BSML 형태로 그리고 AGAVE(Architecture for Genomic Annotation)파일 형태를 BSML 형태로 변환하는 변환기롤 개발하고자 한다.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.37-39
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• 2004

현재 생물학 연구실에서 시퀀싱 실험을 통해 생성되거나 또는 공개용 생물 데이터베이스로부터 획득된 유전체 및 단백질 정보는 각각 이질적인 데이터형식을 사용하고 있다. 이 때문에, 생물정보를 분석하여 상호간의 정보를 효율적으로 사용하기 위해서는 공통된 형식의 데이터 표준화작업이 필수적이다. 그리고 이러한 이질적 데이터 형식에 대한 표준화 연구의 미비로 인하여 플랫 파일간의 정보공유에 어려움을 겪고 있다. 따라서, 이 논문에서는 다양한 유전체 및 단백질 정보를 관리.공유하기 위해 이질적인 포맷간의 맵핑 과정을 통하여 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language) 형태로 변환하고, 이를 객체관계형 데이터베이스(Object Relational DataBase)에 저장하는 시스템을 개발하였다. 그리고, 개발된 시스템은 생물정보 데이터의 표준화를 위해 개발된 XML(Extend Markup Language) 기반의 BSML을 이용함으로써 효율적으로 생물학 데이터들 간의 정보를 공유할 수 있으며, 개인 생물학 데이터베이스 구축이나 다양한 생물학적 데이터를 통합 관리하는 시스템에서 유용하게 쓰일 수 있다.

• Journal of KIISE:Databases
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• v.32 no.1
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• pp.24-42
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• 2005

Characteristics of biological data including genome sequences are heterogeneous and various. Although the need of management systems for genome sequencing which should reflect biological characteristics has been raised, most current biological databases provide restricted function as repositories for biological data. Therefore, this paper describes a management system of nucleotide sequences at the level of biological laboratories. It includes format transformation, editing, storing and retrieval for collected nucleotide sequences from public databases, and handles sequence produced by experiments. It uses BSML based on XML as a common format in order to extract data fields and transfer heterogeneous sequence formats. To manage sequences and their changes, version management system for originated DNA is required so as to detect transformed new sequencing appearance and trigger database update. Our experimental results show that applying active trigger rules to manage changes of sequences can automatically store changes of sequences into databases.

• Proceedings of the KSRS Conference
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• 2004.10a
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• pp.99-102
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• 2004

Recently according to developing of bioinformatics techniques, there are a lot of researches about large amount of biological data. And a variety of files and databases are being used to manage these data efficiently. However, because of the deficiency of standardization there are a lot of problems to manage the data and transform one into the other among heterogeneous formats. We are interested in integrating. saving, and managing gene and protein sequence data generated through sequencing. Accordingly, in this paper the goal of our research is to implement the system to manage sequence data and transform a sequence file format into other format. To satisfy these requirements, we adopt BSML (Bioinformatics Sequence Markup Language) as the standard to manage the bioinformatics data. And then we integrate and store the heterogeneous 리at file formats using BSML schema based DTD. And we developed the system to apply the characteristics of object-oriented database and to process XPath query, one of the efficient structural query. that saves and manages XML documents easily.

• Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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• 2004.10b
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• pp.103-105
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• 2004

최근 바이오 인포매틱스 분야의 발전에 따라 방대한 양의 유전체 데이터에 대한 연구가 진행되고 있으며, 이러한 데이터를 효율적으로 다루기 위해 다양한 형태의 파일과 데이터베이스들이 사용되고 있다. 하지만 표준화의 미비로 인하여 데이터의 관리 및 변환에 어려움이 많다. 따라서 이 논문에서는 시퀀싱을 통해 생성된 유전체 및 단백질 서열 데이터의 통합 저장 관리를 위해 서열 정보의 편집, 저장 및 검색과 서열 파일 포맷 변환을 수행하는 서열 정보관리 시스템의 구현을 목적으로 한다. 이러한 요구사항을 만족시키기 위해 바이오 인포메틱스 데이터를 다루기 위한 표준으로 BSML(Bioinformatic Sequence Markup Language)을 채택하고 이질적 플랫파일들은 DTD를 기반으로 BSML 스키마로 통합 및 저장한다. 그리고 객체 관계 데이터베이스 특성을 적용하여 XML 문서를 보다 쉽게 저장 관리하고 범위 또는 구조적 질의에 효율적인 XPath 질의 처리를 위한 시스템을 개발하였다.

• Proceedings of the KSRS Conference
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• 2005.10a
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• pp.770-773
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• 2005

In most biological laboratory, sequences from sequence machine are stored into file disks as simple files. It will be hard work to store and manage the sequence data with consistency and integrity such as storing redundant files. It is required needed to develop a system which integrated and managed genome data with consistency and integrity for accurate sequence analysis. There fore, in this paper, we not only store gene and protein sequence data through sequencing but also manage them. We also make a integrate schema for transforming the file formats and design database system using it. As integrated schema is designed as a BSML, it is possible to apply a style language of XSL. From this, we can transfer among heterogeneous sequence formats.

• Journal of Scientific & Technological Knowledge Infrastructure
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• s.6
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• pp.42-57
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• 2001

XML을 사용하여 수학식을 표현하는데 사용되는 MathML에 대해 설명하고, 화학식을 표현하는데 사용되는 CML, 염기서열등의 분자 생물학적 정보를 표현하는데 사용되는 BSML과 BIOML에 대해 설명하고자 한다.

• Digital Contents
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• no.12 s.127
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• pp.173-174
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• 2003

XML 개발 업계는 아이디어 부족을 겪고 있지는 않다. 어떤 산업을 지목해 보아라. 그러면 그 산업이 안고 있는 문제를 해결하기 위해 설계된 최소한 한 개의 XML 전략을 지목할 수 있다. 일반적인 것(Trading Networks용 RosettaNe)에서 특정한 것(생물공학 시퀀스 마크업 언어, BSML), 특이한 것(얼굴 애니메이션 마크업 언어, 농담이 아니다)에 이르기까지 아이디어는 광범위하다.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.11D no.4
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• pp.755-764
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• 2004

Recently, the rapid development of biotechnology brings the explosion of biological data and biological data host. Moreover, these data are highly distributed and heterogeneous, reflecting the distribution and heterogeneity of the Molecular Biology research community. As a consequence, the integration and interoperability of molecular biology databases are issue of considerable importance. But, up to now, most of the integrated systems such as link based system, data warehouse based system have many problems which are keeping the data up to date when the schema and data of the data source are changed. For this reason, the integrated system using web service technology that allow biological data to be fully exploited have been proposed. In this paper, we built the integrated system if the bio sequence information bated on the web service technology. The developed system allows users to get data with many format such as BSML, GenBank, Fasta to traverse disparate data resources. Also, it has better retrieval performance because the retrieval modules of the external database proceed in parallel.

• The KIPS Transactions:PartD
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• v.11D no.3
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• pp.519-532
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• 2004

With the explosion of bioinformatics data such proteins and genes, biologists need a integrated system to analyze and organize large datasets that interact with heterogeneous types of biological data. In this paper, we propose a integration system based on a mediated data warehouse architecture using a XML model in order to combine protein related data at biology laboratories. A fact constellation model in this system is used at a common model for integration and an integrated schema it translated to a XML schema. In addition, to track source changes and provenance of data in an integrated database employ incremental update and management of sequence version. This paper shows modeling of integration for protein structures, sequences and classification of structures using the proposed system.