• Title/Summary/Keyword: BioPlace

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BioPlace: A Web-Based Collaborative Environment for Effective Genome Research

  • Ahn, Geon-Tae;Kim, Jin-Hong;Kang, Kyung-Mi;Lee, Myung-Joon;Han, In-Seob
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • v.14 no.5
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    • pp.1081-1085
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    • 2004
  • Genome research has become very popular in most nations. In order to enhance the efficiency of collaboration among genome research groups, ways to store and share data, communicate with each other, be guided through right research strategies, and to easily use well-established databases. In addition, since techniques and softwares for genome research groups are well established, a similar research road map could commonly be applied. In this study, we developed a web-based work place for effective genome research, named 'BioPlace.' From the beginning of writing a proposal, research members can work on the same environment with convenient aid to share files or data. BioPlace provides various ways of collaboration methods among genome researchers. The BioPlace system supports two types of workplaces, namely 'Personal Workspace' and 'Team Workspace.' For each BioPlace user, a Persona] Workspace is provided, while a Team Workspace is provided for each group with the same purpose. In addition, BioPlace provides a 'General Research Road Map' for genome research, and several Korean user interfaces for BLAST, PDB, and Primer3. We expect that BioPlace may facilitate collaboration of genome research among the experienced scientists and help beginners in many different ways as well.

Event Handling of Schedule Management System in BioPlace (BioPlace의 일정관리 이벤트 처리)

  • 박희종;문남두;안건태;박양수;이명준
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.10c
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    • pp.334-336
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    • 2003
  • BioPlace의 일정관리 시스템은 특정 연구 분야의 연구자들 사이에 효과적이고 능률적인 일정관리를 지원하기 위한 웹기반 환경이다. 웹을 통한 공동작업의 경우 개인은 물론 그룹의 일정을 보다 효율적이고 체계적으로 수립하고 공지하는 것이 바람직하다. 본 논문에서는 이러한 요구를 충족시키기 위하여 BioPlace의 일정관리 작업에서 발생하는 이벤트의 흐름과 관련 데이터의 분석을 통한 데이터의 효율적인 관리방법을 기술하였다. 일정관리 작업에 사용되는 데이터의 효율적인 관리와 처리를 위한 방법으로 세션과 Request 객체를 이용하였다.

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Extending Jabber Messaging System for Effective Collaboration (효과적인 협업지원을 위한 Jabber 메시징 시스템의 확장)

  • Lee, Keon-Woong;Ahn, Geon-Tae;Hwang, Eui-Yoon;Kim, Jin-Hong;Lee, Myung-Joon
    • The KIPS Transactions:PartD
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    • v.10D no.7
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    • pp.1161-1170
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    • 2003
  • The BioPlace system is a web-based collaborative system which offers effective exchange of information and research activities among the genomic researchers. BioPlace supports collaborative works among the related group members through Personal Workspces and Team Workspces which are virtual spaces on the web. Jabber is an open messaging system based on XML, giving an efficient way of developing messaging services by providing various functionality for real-time communication and interoperability with other foreign messaging systems. In this paper, we have designed additional Jabber XML protocol to extend Jabber messaging system to be used as real-time communication methods on the BioPlace collaborative system. Also, according to the protocol, we have developed both the extended Jabber server and the BioPlace messenger client.

A Jabber-based Messenger System for Effective Collaboration (효과적인 협업지원을 위한 Jabber 기반의 메신저 시스템)

  • 황의윤;이근웅;안건태;김진홍;이명준
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.04d
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    • pp.154-156
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    • 2003
  • BioPlace 시스템은 유전체 관련 연구자들의 효과적인 정보교환과 연구 활동을 지원하기 위한 웹기반 협업지원 시스템이다. 현재 BioPlace 시스템은 정보를 교환하는 방법이 대부분 비동기적 이어서 실제 공동작업의 과정에서 발생할 수 있는 여러 가지 전달사항이나 수시로 변하는 정보를 실시간으로 전달할 수 있는 방법을 제공하고 있지 않다. Jabber 메시징 시스템은 XML 기반의 개방형 메시징 시스템으로서 실시간 의사소통을 지원하기 위한 다양한 기능과 타 메시징 시스템과의 연동을 제공하고 있어서 능률적인 메시징 서비스의 개발을 지원한다. 따라서, BioPlace 협업지원 시스템에서 Jabber 메시징 서비스를 제공함으로써 이러한 문제를 해결할 수 있다. 본 논문에서는 BioPlace 협업지원 시스템에서 실시간 의사소통 수단으로 사용될 수 있도록 Jabber 실시간 메시징 시스템을 확장하여 BioPlace 메신저 시스템을 설계하고, 실제 구동 가능한 서버와 클라이언트 시스템을 개발하였다.

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Schedule Management on the BioPlace Collaborative System (BioPlace 협업지원 시스템에서의 일정관리)

  • 박희종;문남두;안건태;이명준
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.04d
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    • pp.157-159
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    • 2003
  • BioPlace는 유전체 연구자에게 유전체 검색 시스템을 제공하고 특정 연구 분야의 연구자들 사이에 연구 관련 정보를 효율적으로 공유하고 교환하기 위한 웹기반 협업지원 환경이다. BioPlace 시스템에서 효과적인 공동작업을 수행하기 위해서는 개인 및 작업그룹간의 일정을 편리하게 관리할 수 있는 일정관리 도구가 필요하다. 본 논문에서는 BioPlace 시스템 상에서 개인 및 작업그룹의 일정을 편리하고 효율적으로 관리할 수 있는 도구를 JSP 및 EJB 컴포넌트 기술을 이용하여 개발하였다. 개발된 일정관리 컴포넌트는 일정보기, 일정추가, 일정수정, 일정삭제, 공지전달 등의 기능을 통하여 사용자들 간의 효율적인 공동작업을 수행할 수 있는 편리함을 제공한다.

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Extension of Jabber Messenging System for Effective Collaboration (효과적인 협업지원을 위한 Jabber 메신징 시스템의 확장)

  • 이근웅;안건태;김진홍;문남두;이명준
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2002.10e
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    • pp.424-426
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    • 2002
  • 실시간 메신징 시스템은 인터넷을 통한 실시간 의사소통을 지원하는 간단한 응용프로그램이다. jabber 실시간 메신징 시스템은 오픈소스 프로젝트로서 BioPlace 협업지원 시스템에서 실시간 의사소통을 지원하기 위한 다양한 기능을 갖추고 있으나 사용자 부서 및 팀 작업장에 대한 정보를 표현하지 못한다. 본 논문에서는 BioPlace 협업지원 시스템에서 사용될 수 있도록 부서 및 팀 작업장에 대한 정보의 표현을 지원하는 확장된 jabber 실시간 매신징 시스템을 설계하였다.

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A Study on Use of the Urban Rooftop Biotope as a Place for Environmental Education - Focusing on 'Jageun-Nuri' Rooftop Biotope of UNESCO House in Seoul - (도시 옥상 비오톱의 환경교육적 활용을 위한 연구 - 유네스코 회관 '작은누리'를 중심으로 -)

  • Kim, Seung-Yoon
    • Hwankyungkyoyuk
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    • v.18 no.3 s.28
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    • pp.33-44
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    • 2005
  • This study aims to explore the possibility of using the urban rooftop biotope as a place for environmental education, focusing on 'Jageun-Nuri' Rooftop Biotope of UNESCO House in Seoul, which was established in April 2003. To verify this possibility, both the monitoring of change in the landscapes and bio-diversity of the biotope and a questionnaire survey on users' awareness were undertaken. As a result of the monitoring, diverse changes in landscape and an increase of bio-diversity necessary for environmental education were observed. The results of the awareness survey recognized that users were satisfied with the landscapes of the biotope and their concerns about environment and ecosystem increased due to their visits. Users also thought the biotope could be an appropriate place for environmental education.

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A Study on the Transmission of Bio-Signal by TRS (TRS에 의한 생체신호의 전도에 대한 연구)

  • 곽준혁;최조천
    • Proceedings of the Korean Institute of Information and Commucation Sciences Conference
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    • 2002.05a
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    • pp.366-372
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    • 2002
  • Tele-medicine and emergency medical system are necessary for moving from an accidental point or far distance to a hospital and emergency treatment or home treatment before a hospital. Emergency treatment is extremely important in the case of death before arriving a hospital and deformed or disabled by medical treatment delay. A necessary element for this medical system is the emergency communication system. This system is on preparing for an ability of furnishing patient status to a corresponding health service by monitoring the patient at an ambulance of the accident place. This is the transportation of basic biological information of a patient to a medical center by wireless communication system and the corresponding hospital or medical center examine the patient by monitoring, then they can send emergency medical order to the patient for emergency treatment. The TRS is most efficient way of emergency medical communication system, which is currently used with popularity. In this paper studied simultaneously a way of detecting and transporting bio-logical signals, and monitoring of transporting data with communication of voice in the accident place or ambulance.

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BioPlace

  • 안건태;김진홍;신원준;박희종;이명준
    • Proceedings of the Korean Information Science Society Conference
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    • 2003.10b
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    • pp.829-831
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    • 2003
  • 오늘날 생물정보기술의 발달은 유전체 연구의 활성화에 지대한 영향을 미치고 있으며, 작게는 소그룹 규모의 연구에서부터 크게는 지리적으로 떨어진 국가적인 협업의 형태로 연구가 진행 중이다. 이처럼 지리적으로 분산되어 있는 연구 그룹의 경우 서로의 연구 자료나 실험데이터들을 효과적으로 공유하고 교환 할 수 있는 도구의 지원이 필요하다. 또한, 유전체 연구 전략에 대한 기본 지침서나 구성원들의 통합 일정 관리를 지원함으로써 연구의 효율을 향상시킬 수 있는 방법의 모색이 요구된다. 본 논문에서는 유전체 연구자들의 효과적인 연구 진행을 도와주며. 연구 참여자 및 연구 초연생들이 용이하게 유전체 연구에 참여하며 따를 수 있도록 다양한 유전체 지원 도구를 제공하는 웹기반 협업지원 시스템인 BioPlace의 개발에 대하여 기술한다.

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Hydrate Mineral and Our Health (함수광물과 우리건강)

  • 진수웅
    • Journal of the Korean Professional Engineers Association
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    • v.33 no.5
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    • pp.53-58
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    • 2000
  • Hydrate minerals are contain H$_2$O to offer a place for our health and life of living organism. I wish to present a hypothesis to explain the mechanism on which every living organism survives, gets sick and recovers again Hydrate minerals are the very prerequisite for all animals and the welfare of mankinds. Hydrate minerals are used to the main medical stuffs, the meterials for water purification and porous meterials for bio-ceramic and bio-plastic industries

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