• KSBB Journal
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• 제17권1호
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• pp.106-109
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• 2002

Gel electrophoresis of DNA is a well known technique in molecular biology. This technique is simple, rapid to perform, and capable of adequately separating fragments of DNA. A number of mixtures of DNA fragments ("DNA size markers") are frequently employed in a purpose of extrapolating the sizes or the amount of DNA molecules during gel electrophoresis. DNA size markers are constructed by digesting plasmid DNA, bacteriophage DNA, or recombinant DNA molecules with one or more restriction enzymes. However, liquid suspension containing DNA size marker needs to be kept at a low temperature during storage and shipping. In an attempt to maintain the DNA samples at room temperature for extended period of time, lyophilization of DNA with addition of nuclease inhibitor was studied. Gel loading buffer was also added to the lyophilized DNA to provide additional convenience such that DNA size marker was the "ready-to-use" followed by simply reconstituting with distilled water.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권8호
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• pp.1071-1075
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• 2002

In order to identify and develop the specific DNA marker for the identification of Hanwoo (Korean Cattle) from other breeds, a specific DNA marker of 519 bp was identified and sequenced from polymorphic analysis using RAPD-PCR for 6 cattle breeds. Two different repetitive sequences, $(AAC)_5$ and $(GAAGA)_2$, were selected and designed to use specific probe to develop a DNA marker for Hanwoo specific. When the $(AAC)_5$ probe was applied, the 10 kb specific DNA marker showed in the DNA fingerprinting from 237 of 281 Hanwoo individuals. This novel Hanwoo specific DNA probe is useful to perform the marker-assisted selection for screening Hanwoo purity as an unique genetic source.

• 한국데이터정보과학회:학술대회논문집
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• 한국데이터정보과학회 2005년도 춘계학술대회
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• pp.54-58
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• 2005

한우 17번 염색체 유전자 지도에서 QTL (quantitative trait loci) 분석을 실시하여 선별된 Loci 값들을 순열검정(Permutation Test)을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 한편, 우수 경제형질 DNA marker들을 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 또한, 부스트랩 방법을 이용하여 선별된 Locus의 DNA Marker들의 신뢰구간을 구하였다. 이들 QTL과 K-평균법, 부스트랩 방법에 의해 한우의 염색체 17번 BMS941의 우수 DNA Marker 85, 105번을 선별하였다.

• 한국통계학회:학술대회논문집
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• 한국통계학회 2003년도 추계 학술발표회 논문집
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• pp.325-329
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• 2003

한우 6번 염색체 유전자 지도에서 QTL (quantitative trait loci) 분석을 실시하여 선별된Locus 값을 순열검정(Permutation Test)을 이용하여 유의성 검정을 실시하였다. 한편, 우수경제형질 DNA marker들을 K-평균 군집법을 실시 파악하였다. 이들 QTL과 K-평균법에 의해 한우의 염색체 6번 ILSTS035의 우수 DNA marker 235번을 선별하였다. 선별된 DNA Marker 235번을 출품우에 적용하여 Bootstrap 방법을 이용하여 신뢰구간을 구하여 검정하였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제25권2호
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• pp.218-225
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• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.34-34
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• 2003

한국산 선발계통 및 일본산 양식계통과 이들 두 계통간 잡종 참돔 집단의 유전적 특성을 분석하기 위하여, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) marker를 탐색하였다. 10개의 염기로 이루어진 200개의 random primer 분석을 통하여 polymorphic pattern을 나타내는 23개의 random primer를 선발하였으며, 각 primer의 재현성을 확인하였다. 이들 중 OPA-11 primer는 크기가 각각 600 bp, 650 bp 및 750 bp 인 3개의 DNA 단편에 의하여 4개의 genotype을 나타냈으며, 각 genotype의 빈도는 집단간차이를 보였고, 한국산 선발계통 집단에서는 4개의 genotype이 모두 발견되는 반면, 일본산 양식계통 및 일본산 양식계통을 포함한 교배집단에서는 특정 genotype만 발견되었다. OPA-11 primer 유래의 polymorphic DNA 단편을 cloning하고 염기서열을 결정하였으며, SCAR (Sequence Characterized Amplified Region) primer를 제작하고 분석하였다. 본 연구는 참돔집단의 유전적 특성 파악 및 집단 구별에 RAPD marker를 활용하였으며, 참돔 육종시 형질 및 기능관련 DNA marker 탐색에 적용하기 위하여, 이후의 연구에서는 SCAR과 RFLP 분석에 RAPD marker를 이용하여 100% 정확도를 갖는 RFLP maker를 찾고, MAS (Marker-Assisted Selection)에 적용하고자 한다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권5호
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• pp.724-730
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• 2006

A sequence characterized amplified region (SCAR) marker, which was tightly linked with the A1 mating type locus in Phytophthora infestans, was developed. During the random amplified polymorphic DNA-based phylogenic studies of 33 isolates of P infestans collected from year 2002 to 2004, we found an A1 mating type-specific DNA fragment. This 573-bp DNA fragment was generated only in the genomic DNA of the A1 mating types, when OPC-5 primer was used. Based on the specific DNA sequence, we designed the primer sets for generating the A1 mating type-specific 569-bp DNA fragment. When 33 genomic DNAs of P. infestans were subjected to PCR amplification using different primer combinations, the A1 mating type-specific DNA was amplified, when LB-1F and LB-2R primers were used. The specific 569-bp DNA fragment was generated only from all 18 A1 strains, but not from 15 A2 mating type strains. These results corresponded to the mating type discriminating bioassay of 33 isolates of P. infestans. Therefore, the primer combination of LB-1F/LB2R was chosen as a SCAR marker. Overall, this study indicates that the SCAR marker could be developed into a useful tool for mating type determination of P. infestans.

• 한국작물학회지
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• 제51권spc1호
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• pp.269-273
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• 2006

The study of molecular markers to improve crops largely depends on the availability of rapid and of efficient DNA extraction methods. Here we developed a cheap and convenient method to isolate genomic DNA from rice grains suitable for large-scale microsatellite analysis. We confirmed that the isolated rice DNA is suitable for PCR analysis with STS marker and SNP marker, as well as microsatellite marker. Further, we established high-throughput DNA extraction system in a 96-well plate format which make it possible high-throughput analysis of microsatellite markers with rice grains. This implies that the new method could be a useful tool for other types of marker analysis in large scale.

• 원예과학기술지
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• 제17권6호
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• pp.770-772
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• 1999

새로 육성된 품종의 보호를 위한 분자마커를 대상 작물에 전이시키는 체계를 확립하고자 본 실험을 실시하였다. 식물에서는 전혀 존재하지 않는 mouse adenosine deaminase(ADA) gene으로부터 분자마커로 활용 가능한 크기의 DNA 단편을 획득하고 이를 pBI101에 삽입하여 chimeric gene을 만들었다. 분자마커를 포함하는 형질전환된 담배를 획득하기 위해 A. tumefaciens LBA4404를 이용하여 형질전환을 실시하였다. 담배 절편체에서 형질전환된 신초를 얻기 위해 BAP $1.5mg{\cdot}L^{-1}$, kanamycin $50mg{\cdot}L^{-1}$과 cefotaxim $200mg{\cdot}L^{-1}$이 혼용된 MS배지에서 선발하였으며 신초 발생후 kanamycin의 농도를 2배, 4배로 증가시켜 chimeric gene이 완전하게 전이되어 저항성을 가진 8개체를 얻었다. 항생제에 의해 선발된 8개체를 분자마커 primer로 PCR분석하여 분자마커가 식물체의 genome내로의 전이를 확인하였다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제5권1호
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• pp.23-26
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• 2000

In order to develop the specific genetic marker for Korean native cattle (Hanwoo), randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis of 6 different cattle breeds was attempted by using 38 decamer primers. In comparison of RAPD patterns, two distinctive DNA bands specific for Hanwoo were detected. One was 296 bp of DNA fragment found to be specific only for female Hanwoo when primer GTCCACACGG was employed. In individual analysis of this RAPD marker was observed only in female individuals with the possibility of $85.3\%$. The other was 521 bp of RAPD marker amplified using TCGGCGATAG and AGCCAGCGAA primers, which showed $83.0\%$ of genetic frequency in 85 male and 68 female individuals tested. Nucleotide sequencing of these genetic markers revealed that 296 bp marker has a short micro satellite-like sequence, ACCACCACAC, and a tandem repeat sequence of microsatellite GAAAAATG in the determined sequence. Two distinctive tandem repeats of microsatellite sequences, MC and GAAGA, were also appeared in 521 bp DNA marker. In BLAST search, any gene having high homology with these markers was not found.