• 제목/요약/키워드: Integration site

검색결과 329건 처리시간 0.027초

동물 세포 내에서 MJ1 인티그라제에 의한 부위 특이적 재조합 (Site-Specific Recombination by the Integrase MJ1 on Mammalian Cell)

  • 김혜영;윤보현;장효일
    • 한국미생물·생명공학회지
    • /
    • 제39권4호
    • /
    • pp.337-344
    • /
    • 2011
  • 이전 연구에서, bacteriophage ${\Phi}FC1$이 Enterococcus faecalis KBL703에서 UV induction을 통해 분리 동정되었으며, ${\Phi}FC1$은 phage attachment site인 attP와 bacterial attachment site인 attB 사이에서 site-specific integration을 촉매하는 integrase를 가지고 있다는 것을 밝혀냈으며 이를 MJ1이라 명명하였다. 이 연구에서는 이를 바탕으로 MJ1에 의한 site-specific integration의 효율을 Escherichia coli와 NIH3T3 cell에서 확인 하기 위해 attP, attB, MJ1을 각각의 벡터에 삽입하였다. MJ1 인테그라제에 의한 재조합을 수행하기 위해서 기질 벡터 pABLP를 $DH5{\alpha}$에 형질전환시킨 후, LB 배지에서 $37^{\circ}C$ 1시간 배양한 후 암피실린(ampicillin)과 테트라싸이클린(tetracycline) 항생제 플레이트로 pGMJ1과 pABLP 같이 가지고 있는 colony 들을 선별하여, LacZ 유전자가 불활성화 된 흰색 콜로니 개수를 세고 통계를 낸 결과 integration의 frequency가 99% 이상인 것으로 나타났다. 또한, 실제로 재조합이 일어났는 지를 확인하기 위해서 콜로니 PCR을 수행하여 재조합의 산물인 attL 150 bp을 확인하였다. PCR 산물은 염기서열분석을 통해 정확한 site-specific integration이 일어났음을 확인하였다. MJ1에 의한 integration을 보이기 위해 attP와 attB를 가지고 있는 vector를 MJ1 expression vector와 함께 NIH3T3 cell에 cotransfection 했으며 GFP를 reporter로 사용해 그 activity를 관찰하였다. NIH3T3 cell에서 GFP의 발현을 형광 현미경을 통해 알아본 결과, MJ1에 의한 sitespecific integration이 다른 accessory protein의 도움 없이 일어난다는 것을 볼 수 있었다. 마찬가지 방법으로, attR과 attL 간의 excision을 GFP로 알아본 결과, GFP는 발현하지 않았으며, 이는 MJ1에 의한 excision이 일어나지 않았음을 보여주었다. 이와 같은 결과로 볼 때, MJ1의 host만이 아니라 넓은 범위안에서도 integration을 수행할 수 있다는 것을 보여주었다. 따라서 MJ1을 이용한 site-specific integration system의 개발은 gene therapy를 위한 gene delivery system의 구축에 있어서 좋은 시작이 될 수 있다.

Biochemical Properties of Second Site Mutation of Human Immunodeficiency Virus Integrase

  • Kim, Do-Jin;Oh, You-Take;Lee, Sang-Kwang;Shin, Cha-Gyun
    • BMB Reports
    • /
    • 제32권6호
    • /
    • pp.599-604
    • /
    • 1999
  • A highly conserved amino acid, glutamic acid (Glu), present at position 152 in the catalytic domain of the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) integrase (IN) protein has been known to be critical for enzymatic function since substitution of Glu 152 with other residues results in a complete loss of enzymatic activities. In order to better understand the role of Glu 152 as a conserved residue in enzymatic action, intragenic second site mutations have been introduced around residue 152 of a mutant IN (E152A), and their biochemical properties were analyzed in terms of enzymatic activities. Disintegration activities were found to be significantly restored in several second site mutant INs, while integration activities were only recovered weakly. However, endonucleolytic activities were not discovered in all the mutant INs. These findings indicate that the second site mutations can partially restore that catalytic structure of the active site disturbed by the E152A mutation and lead to the regaining of integration and disintegration activities. In addition, it is also suggested that endonucleolytic activity requires a more accurate structure of the catalytic site than that for the integration and disintegration activities.

  • PDF

국내 지반특성에 적합한 지반분류 방법 및 설계응답스펙트럼 개선에 대한 연구 (III) - 설계응답스펙트럼 개선방법 (Development of Site Classification System and Modification of Design Response Spectra considering Geotechnical Site Characteristics in Korea (III) - Modification of Desing Response Specra)

  • 윤종구;김동수;방은석
    • 한국지진공학회논문집
    • /
    • 제10권2호
    • /
    • pp.63-71
    • /
    • 2006
  • 동반논문(II-지반분류 개선방법)에서는 지반의 고유주기를 기준으로 지반을 분류하는 방법이 국내 지반조건에 적합한 지반분류 방법으로 제시하였다. 그러나, 지반분류 방법을 개선하여도 해석결과의 평균 스펙트럼 가속도 값과 재산정된 응답스펙트럼과 차이가 나타나는 부분이 존재한다. 이는 설계응답스펙트럼을 작성에 필요한 증폭계수를 계산하는 방법을 변경해야 해결할 수 있다. 본 논문에서는 국내 지반조건에 적합하도록 증폭계수를 재산정하기 위한 적분구간 변경에 대하여 검토하였다. 검토 결과 장주기 영역의 증폭계수 $F_v$의 적분구간은 현재 주기 0.4초${\sim}$2.0초에서 주기 0.4초${\sim}$1.5초로 변경할 경우 해석결과의 평균 스펙트럼 가속도 값과 설계응답스펙트럼이 비교적 잘 일치하는 결과를 얻을 수 있었고, 기존의 방법보다 국내 지반특성에 더 적합한 설계응답스펙트럼을 작성할 수 있었다.

국내 지반특성에 적합한 설계응답스펙트럼 개선을 위한 증폭계수 재산정에 대한 연구 (Modification of Design Response Spectra Considering Geotechnical Site Characteristics in Korea)

  • 윤종구;김동수;방은석
    • 한국지진공학회:학술대회논문집
    • /
    • 한국지진공학회 2006년도 학술발표회 논문집
    • /
    • pp.113-124
    • /
    • 2006
  • Despite the site classification method was improved in the previous study, the response spectrum would be required to be modified by adjusting the integration interval to calculate the site coefficients because the response spectra did not match well the average spectral accelerations obtained by site response analyses in the range of long periods. In this paper, new response spectra for each site categories were determined by adjusting the integration interval of long-period site coefficient $F_{v}$ from $0.4{\sim}2.0$ to $0.4{\sim}1.5$ second. It matched well the average spectral accelerations and new response spectrum, and it was also improved compared to the current site classification system.

  • PDF

Development of a Food-Grade Integration Vector for Heterologous Gene Expression and Protein Secretion in Lactococcus lactis

  • Jeong, Do-Won;Lee, Jong-Hoon;Kim, Kyoung-Heon;Lee, Hyong-Joo
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
    • /
    • 제16권11호
    • /
    • pp.1799-1808
    • /
    • 2006
  • A food-grade integration vector based on site-specific recombination was constructed. The 5.7-kb vector, pIMA20, contained an integrase gene and a phage attachment site originating from bacteriophage A2, with the ${\alpha}$-galactosidase gene from Lactobacillus plantarum KCTC 3104 as a selection marker. pIMA20 was also equipped with a controllable promoter of nisA ($P_{nisA}$) and a signal peptide-encoding sequence of usp45 ($SP_{usp45}$) for the production and secretion of foreign proteins. pIMA20 and its derivatives mediated site-specific integration into the attB-like site on the Lactococcus lactis NZ9800 chromosome. The vector-integrated recombinant lactococci were easily detected by the appearance of blue colonies on a medium containing $X-{\alpha}-gal$ and also by their ability to grow on a medium containing melibiose as the sole carbon source. Recombinant lactococci maintained these traits in the absence of selection pressure during 100 generations. The ${\alpha}-amylase$ gene from Bacillus licheniformis, lacking a signal peptide-encoding. sequence, was inserted downstream of $P_{nisA}\;and\;SP_{usp45}$ in pIMA20, and the plasmid was integrated into the L. lactis chromosome. ${\alpha}-Amylase$ was successfully produced and secreted by the recombinant L. lactis, controlled by the addition and concentration of nisin.

Automated 3D Model Reconstruction of Disaster Site Using Aerial Imagery Acquired By Drones

  • Kim, Changyoon;Moon, Hyounseok;Lee, Woosik
    • 국제학술발표논문집
    • /
    • The 6th International Conference on Construction Engineering and Project Management
    • /
    • pp.671-672
    • /
    • 2015
  • Due to harsh conditions of disaster areas, understanding of current feature of collapsed buildings, terrain, and other infrastructures is critical issue for disaster managers. However, because of difficulties in acquiring the geographical information of the disaster site such as large disaster site and limited capability of rescue workers, comprehensive site investigation of current location of survivors buried under the remains of the building is not an easy task for disaster managers. To overcome these circumstances of disaster site, this study makes use of an unmanned aerial vehicle, commonly known as a drone to effectively acquire current image data from the large disaster areas. The framework of 3D model reconstruction of disaster site using aerial imagery acquired by drones was also presented. The proposed methodology is expected to assist rescue workers and disaster managers in achieving a rapid and accurate identification of survivors under the collapsed building.

  • PDF

Molecular Characterization of the Region Encoding Integrative Functions from Enterococcal Bacteriophage ${\phi}$FC1

  • Kim, Min-Jung;Lee, Jin-Young;Kim, Young-Woo;Sung, Ha-Chin;Chang, Hyo-Ihl
    • BMB Reports
    • /
    • 제29권5호
    • /
    • pp.448-454
    • /
    • 1996
  • Bacteriophage ${\phi}FC1$ is a temperate phage which was identified as a prophage in the Enterococcus faecalis KBL703 chromosome. Phage ${\phi}FC1$ integrates into the host chromosome by site-specific recombination. The phage attachment site P (attP) was localized within the 0.65-kb XhoI-HindIII fragment and the nucleotide sequence of the region was determined. An open reading frame (mj1) which adjoined the phage attachment site encoded a deduced protein related to the site-specific recombinase family. The organization of this region was comparable to other site-specific recombination systems. The molecular weight of the expressed MJ1 in E. coli was in good agreement with the predicted 53,537 Da of the mj1 gene product. Elucidation of the phage-specific integration process in this study would provide useful genetic tools such as a chromosomal integration system.

  • PDF

KASS 기준국 사이트 구축 (The Development for KASS Reference Station Site)

  • 조성룡;장현진;정환호;이병석;남기욱
    • 한국항행학회논문지
    • /
    • 제24권4호
    • /
    • pp.273-279
    • /
    • 2020
  • 한국형 SBAS (KASS)에서 기준국 사이트는 GPS/GEO 신호를 수집하고 감시하는 중요한 인프라 시설이다. SBAS 기준국은 상시 관측소보다 요구사항이 명확하고, 운영 단계에서 지속적인 유지보수가 필요하다. KASS 기준국 사이트 구축은 사이트 조사, 사이트 공사, 안테나 측지측량, 장비 설치 및 운영을 위한 준비가 필요하다. 사이트 조사는 사이트 가용 여부 및 시스템 성능 예측을 위한 단계이다. 기준국 사이트, 장비실 및 부대시설은 운영 기관이 사이트 요구 사항을 만족하도록 제공해야 한다. 기준국 안테나의 위치는 매우 중요한 정보로 측지측량을 통하여 정확도를 확보해야 한다. 정확한 위치의 안테나에서 측정된 측정치는 중앙처리국에 제공된다. 기준국의 정확한 위치는 향후 지속적인 위치 확인 및 업데이트를 수행해야한다. 기준국 사이트 구축이 완료 되면, 기준국 장비 설치 및 운영을 위한 업무를 수행한다. 본 논문에서는 7곳의 기준국 사이트의 구축 절차 및 결과를 제시하였다.

3차원 지하공간통합지도를 활용한 지하시설물 현장 측량 시스템 구축 및 적용 (Constrution and Application of Underground Facilities Survey System using the 3D Integration Map of Underground Geospatial Information)

  • 송석진;조해용;허현민;김성길
    • 한국지리정보학회지
    • /
    • 제24권4호
    • /
    • pp.164-173
    • /
    • 2021
  • 최근 도심지의 지반함몰 및 침하, 노후 지하시설물 파손 등 지하공간에 대한 안전 이슈가 증가하고 있어 지하시설물의 정확한 관리가 더욱 요구되고 있다. 이에 본 연구에서는 현장에서 취득하는 지하시설물 실시간 측량 데이터 또는 지하시설물 탐사 후 현장 측량으로 취득한 지하시설물 측량 데이터를 지하공간통합지도 상에 가시화하고, 측량성과로 변환하는 기능을 개발하였다. 또한, 본 연구를 통해 개발한 지하공간통합지도 연계 현장 측량 성과 활용 기능을 사용하여 서울시 은평구 상수관로 매설공사 현장에서 토탈스테이션으로 획득한 측량성과를 지하공간통합지도상에 가시화 하고, 공간정보 성과파일로 변환 및 지하공간통합지도 모바일 센터로 전송하는 현장실증을 수행하였다. 이를 바탕으로 지하공간통합지도가 구축된 지역에서 측량성과를 활용하는 작업 절차를 검증할 수 있었으며, 향후 개선 방향을 검토할 수 있었다.

IEC 60364 기반의 한국형 저압전기설비 통합 실증단지 모델링 및 차단기와 케이블의 선정 방안 고찰 (Study of Selection Plan of Circuit breakers, Cables and Modeling of Korean Low Voltage Electrical Installation integration Test Site based on IEC 60364)

  • 김두웅;류규상;김한수;신대성;류기환;김철환
    • 조명전기설비학회논문지
    • /
    • 제29권9호
    • /
    • pp.59-64
    • /
    • 2015
  • IEC is an international standards which are used in many countries with Europe as the center. IEC standard is introduced in Korea according to WTO/TBT agreements, however until now there are no buildings in Korea which are designed applying IEC standard. Therefore, KEA(Korea Electric Association) is scheduled to construct Korean low voltage electrical installation integration test site which is designed applying IEC standard. In this paper, before being under construction of Korean low voltage electrical installation integration test site, power substation is modeled based on real design parameters and method to select circuit breakers and cables is presented applying IEC standard in the modeled power substation. EMTP(ElctroMagnetic Transient Program) is used for simulation program. EMTP which is power system analysis program is easy to model power system and power substation.