• 한국축산식품학회지
• /
• 제25권2호
• /
• pp.218-225
• /
• 2005

본 연구는 mt DNA의 D-loop 영역을 probe로 이용한 Southern blot hybridization 분석 기법을 이용하여 한우에서 mt DNA의 RFLP를 분석하고 RFLP marker가 유생산에 미치는 영향을 분석하여 산유량 관련 DNA marker를 개발하고자 수행하였다. Mt DNA의 D-loop 영역내 404번부터 15061까지 1142 bp 크기의 염기 서열 부위를 특이적인 primer를 이용하여 PCR로 증폭하였다. Mt DNA를 HpaII, BamHI, XbaI, HinfI, EcoRI, HindII 및 RsaI 7종류의 제한효소를 이용하여 각각 절단한 후 DIG로 표지된 D-loop probe를 이용하여 검출한 결과 XbaI, RsaI, BamHI 및 HpaII 4종류의 제한효소에서 각각 RFLP 다형성이 검출되었고 EcoRI, HindIII 및 HinfI 3종류 제한효소는 변이가 존재하지 않았다. 다유 계통과 저유 계통 선발 집단간의 각 제한효소별 RFLP type의 출현빈도를 비교한 결과 BamHI 및 RsaI 제한효소에서 두 집단간의 RFLP type의 출현율에 각각 통계적 유의성(P<.05)이 인정되었다. 다유 및 저유성으로 극단의 육종가 값을 갖는 두 계통의 mt DNA D-loop영역의 염기 서열을 비교 분석한 결과 441번째 염기가 G/C, 469번째 염기는 T/C, 503번째 염기는 C/T, 569번째 염기는 G/A, 614번째 염기는 C/A그리고 644번째 염기는 C/T로 각각 염기가 치환되었고 특히, 다유 계통 개체의 677번째의 A염기가 저유 계통 개체에서는 결실되어 있다는 사실이 확인되었다. 한편, 한우 암소의 유생산에 영향을 미치는 효과를 규명하기 위하여 mt DNA RFLP 형과 송아지 이유시 체중, 생시체중 및 비유량을 측정하여 얻어진 육종가의 성적을 근거로 통계 분석한 결과 XbaI 제한효소의 RFLP type이 산유 능력 육종가와 유의적인 관련성이 확인되었다 (P<05). 즉, RFLP A type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치가 6.233으로 B type을 갖는 축군의 평균 육종가 추정치 0.757보다 월등히 높은 것으로 나타났다. 결론적으로 산유량과 관련성이 확인된 mt DNA RFLP type은 한우의 산유량 향상을 위한 DNA marker로 이용 가능할 것으로 기대된다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제37권1호
• /
• pp.23-30
• /
• 1998

DNA의 제한요소단편 다형현상(RFLP)이 유전변이 연구에 널리 이용되고 있다. 본 연구는 파밤나방(Spodoptera exigua(H bner)) 미토콘드리아 DNA(mtDNA)의 RFLP방법을 개발하기 위해 게놈 크기 측정 및 PCR primer들을 선발하였다. 파밤나방의 mtDNA 전체크기는 약 16kb였다. 대부분 곤충 mtDNA에 적합하게 구성된 (Simon et al., 1994)29개 promer들중 21개가 파밤나방의 mtDNA증폭에 적합했다. 이들 primer들을 이용하여 여러 유전자 영역(CO-I, CO-II, Cyt-B, ND-1, 12S rRNA, 16S rRNA 및 일부 tRNA)의 일분 또는 전체를 포함하는 유전자 절편을 증폭시켰다. 일반적으로 다형을 보이는 primer조합을 중심으로 4염기 제한부위를 인식하는 8종의 제한 효소를 통해 분석된 PCR-RFLP는 서로 다은 지역(안동, 경산, 순천) 집단들간에 제한부위에 있어서 차이가 없었으나 일부 영역에서는 길이 차이를 보여 유용한 유전지표로서의 가능성을 제시했다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제34권1호
• /
• pp.79-86
• /
• 1996

형태적으로 Aconaqmoebcusteuon리로 동정된 한국토양분리주 KA/S2의 일부 특성을 파악하여 A. castellanii로 알려진 4가지 reference 주(Castellani, Neff, fna 및 Chang주) 와 비교하였다 K4/s2주의 mitochondria(Mt) DNARFLP와 isoelectricforusing(IEF)로 분석한 동위효소 양상은 California 토양에서 분리된 Neff주의 그것과 동일하였으나 고 외의 주들 사이에는 심한 다양성이 과찰되었다. Chang주의 형태 및 전 단백질 양상은 다른 주에 비해 독특하였다. Aconamoeba app. 분리주의 동정 및 특성 파악에 Mt DNA RFLP 분석이 매우 유용할을 확인하였다. Aconamoebacasteunil의 우리말 학명을 카스텔라니가시아메바로 제안한다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
• /
• 제9권3호
• /
• pp.101-106
• /
• 2006

The cytochrome c oxidase subunit I (COI) gene region of mitochondrial DNA (mtDNA) was examined in four abalone species to estimate its utility as a genetic marker using restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. The utility was evaluated in terms of genetic divergence and relationships among Haliotis discus hannai, H. rufescens, H. rubra, and H. midae in both hemispheres of the world. There was clear genetic divergence in the mtDNA COI region between all pairs of the four species. Moreover, relationships among the abalone species were reflected in their geographical distributions and morphological characteristics. Therefore, RFLP analysis of the mtDNA COI region is a suitable genetic marker for the estimation of genetic divergence and relationships among abalone species. However, it is not effective for the evaluation of genetic differences within abalone species.

• 한국수산과학회지
• /
• 제27권5호
• /
• pp.613-619
• /
• 1994

황해에 서식하는 참조기(Pseudosciaena polyactis Bleeker) 각 계군의 유전적 차이점을 분석하기 위하여 중국에서 3지역(Zhoushan, Shanghai, Qingdao), 한국 2지역(목포, 인천)에서 채집된 참조기로부터 mitochondrial DNA(mtDNA)의 RFLP(제한효소 절편 다형현상)를 분석하였다. 총 18종의 제한효소를 이용하여 처리한 결과 5개 집단 모두 동일한 크기인 $16.9{\pm}0.6kb$의 mtDNA를 소유한 것으로 나타났으며 이는 다른 어류군들과 유사한 크기였다. 참조기 mtDNA에 대한 RFLP 분석을 행한 결과 각 집단 마다 대략 40여개의 절편이 관찰되었고 5개 집단 모두 동일한 mtDNA 절편양상을 보였으나 사용된 제한효소 중 좌ApaI, EcoRI, PstI, SstII 및 SmalI에서 중국과 한국 집단내 또는 집단간 절편 양상의 차이도 관찰할 수 있었다.

• 한국축산식품학회지
• /
• 제27권2호
• /
• pp.209-215
• /
• 2007

본 연구는 mt DNA 12S rRNA 유전자의 PCR-RFLP 분석기법을 이용하여 다양한 식육자원 및 각종 가공 육제품의 원료육에 대한 정확하고 재현성 높은 축종 및 육종 감별기술을 개발하기 위하여 수행되었다. 국내에서 유통되고 있는 9종류 축종(소, 돼지, 양, 염소, 말, 사슴, 닭, 오리 및 칠면조)의 육류로부터 12S rRNA유전자의 특정 염기서열을 포함하는 primer를 설계 제작하여 PCR-RFLP 분석을 실시하였다. 각 공시축의 근육조직으로부터 genomic DNA를 추출하고 PCR 증폭 반응을 수행한 후 얻어진 PCR 증폭산물(약 455 bp)을 Tsp5091와 MboI 제한효소로 각각 절단한 결과 Tsp5091 제한효소는 포유류 6종간에서 그리고 MboI 제한효소는 가금류 3종간에서 명확한 차이를 보이는 종 특이적인 PCR-RFLP profile을 검출하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 12S rRNA 유전자의 종 특이적 DNA 분자표지는 각종 원료육 및 가공 육제품의 육종 및 축종 판별에 매우 유용한 동물 종 감별 DNA marker로 이용될 수 있을 것이다.

• Archives of Pharmacal Research
• /
• 제29권1호
• /
• pp.88-95
• /
• 2006

Analysis of molecular nature of mitochondrial DNA (mtDNA) could be powerful marker for anthropological studies of modern populations. While population genetic studies on mtDNA have been reported for several ethnic groups, no such study has been documented for the Korean population. We surveyed mtDNA polymorphisms in the HVS I of noncoding D-loop region and its upstream region from 430 unrelated healthy Korean population by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and direct sequencing analysis. PCR product with 2,790 bp spanning the specific mtDNA region (mt13715-16504) was subjected to RFLP analysis using 6 restriction enzyme (Hinf I, Hae III, Alu I, Dde I, Mbo I, Rsa I). On the PAUP analysis of PCR-RFLP results, 38 mtDNA haplotypes (Hap 1-38) were detected in the Korean populations, which were classified into 11 haplogroups (Grp 1-11) of related haplotypes encompassing all 38 haplotypes. In comparison of sequencing data with Anderson's reference sequence, the transition type was more prevalent than the transversion type. Insertions or deletions were not found. In addition, three of the polymorphic sites (A16240C, A16351G, G16384A) in HVS-I region are determined newly. The polymorphic sites were distributed randomly in the region, though the frequency at each site was variable. Thus, this research might be required for the genealogical study of Orientals.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제34권4호
• /
• pp.259-266
• /
• 1996

형태학적 제3군 가시아메바의 taxonomic validity는 아직 확실하지 않다. 이번 연구에서 제3군에 속하는 6종의 가시 아메바 즉 A. culbertsoni A. healyi A. palestinensis. A. pustulosa, A. royreba 및 A. lenticulata의 type strain들의 동위효소. 미토콘트리아 DNA 및 small subunit(ssu) rDNA의 Restriction Fragment Length Polymorphism(RFLP) 양상을 비교하여 이들의 taxonomic validity를 검토하였다. 미토콘드리아 DNA의 RFLP 양상은 분리주간에 서로 심한 차이를 보였다. A. palestinensis와 A. pustulosc는 거의 동일한 rDNA RFLP(추정 염기 치환율 2.6%) 및 동위효소의 양상을 보여 A. palestinensis와 A. pustulosc는 같은 종으로 판단되었다. 그외의 종들은 서로 아주 다양한 rDNA RFLP 및 동위효소의 양상을 나타내어 독립종으로 인정되었다.

• Parasites, Hosts and Diseases
• /
• 제35권2호
• /
• pp.119-126
• /
• 1997

Accnthamoebn sp. W-4는 영양형 및 포낭의 형태학적 특징이 A. culbefson가 비슷하지만. 마우스에 대한 병원성. in vitro 세포독성. isoenzyme pattern 비교 분석 및 콩-특이성 난세포군 항체 교차반응 등에 의하변 A. culbensoni와는 조금 다르다. 많은 아메바들이 다양한 환경에서 다양한 형태로 분리됨으로써 종 농정에 있어서 좀더 다양한 정보를 얻고자 분자유전학적 접근을 시도하였다 본 실험은 Acanthcmoebc sp. YM-4(한국 분리수)에 대한 미토콘드리아 DNA(mtDNA)를 분리하여. 여러 종의 제한효소를 처리함으로써 mtDNA의 단편들을 얻은 다 전체 크기 및 제한효소 절단 단편길이 다형성(RFLP) 분석을 하였다. 5가지의 제한효소 즉 Hce III. Hind III . Cla I. pvu II 빛 Sal I으로 처리된 Acanthamoebn의 mtDNA는 최소 3개의 단편들고부터 많은 것은 15개의 단편들로까지 나뉘어졌다. 단편들을 합산한 mtDNA의 전체 크기는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 평균 46.4 kbp였으며 A. culbertsoni 및 A. potwphcgc는 각각 48.3 kbp 및 48.8 kbp로 관찰되었다 제한효소 단편길이들은 0. 6 kip초부터 34. 4 kbp가시 다양하였으며. Accnthcmoebc sp. YM- 4의 mtDNA 단편들을 A. culbertsorli 및 A. polyphnbc와 비교해 볼 때 각각 총 67개 및 65개 중에서 총통으로 갖은 단편들이 각각 9개 및 7개로 관찰되었다. 그것을 토대로 genetic divergence를 계산한 결과 Accnthnmoebn sp. YM-4차 A. culbertsoni 간에는 10.1%였으며 A. poIWphogc와는 0.99%였다. 이런 다형성의 결과는 Acnnthcmoebc sp. YM-4가 A. culbertsoni 및 A. poIMphafc와는 종이 다를 수 있다는 것을 보여준다고 하겠다.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
• /
• 제13권1호
• /
• pp.21-27
• /
• 1997

한국 고유종인 새코미꾸리(Cobitis rotundicaudata)의 집단간 유전적 차이에 따른 종 분화 여부를 밝히고자 4개집단을 대상으로mitochondrial DNA(mtDNA)의 RFLP분석을 실시 하였다. C. rotundicaudata mtDNA를 10개의 6-base cutting 제한요소로 처리한 다음 그 절 편 양상을 비교, 분석한 결과 4개 집단 공히 mtDNA의 전체 genome 크기는 약 16.5$\pm$ 0.5Kbp였으며 공통절편수(F)에서 한강 2개 집단(가평, 진부)과 동해안 마읍천 짐단간의 F값 은 0.911로 매우 가까웠으나 낙동강의 산청집단은 타 3개 집단과 F=0.375로 차이가 있었다. 또한 염기치환율(p)에 있어서도 한강 2개 집단 및 마읍천 집단간은 평균 p=0.005로 매우 유 사하였으나, 산청 집단은 타 집단들과 염기치환율에 있어 p=0.059로 종수준의 뚜렷한 차이 를 나타내어서 이들은 각각 별종으로 사료된다.