• 미생물학회지
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• 제41권4호
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• pp.269-274
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• 2005

동물용 생 바이러스 백신 내에 mycoplasma를 검출하기 위해 polymerase chain reaction (PCR)기법과 2가지의 상품화된 PCR 검출킷트를 평가하였다. PCR기법은 시험에 사용된 모든 mycoplasma를 특이적으로 검출할 수 있었으나, 2가지의 상품화된 PCR 검출킷트는 일부의 mycoplasma를 검출하지 못하였다. 또한, PCR기법의 검출 특이도는 조류 유래 mycoplasma에 속한 4주의 표준주 및 7주의 야외분리주를 모두 검출할 수 있었다. PCR기법의 민감도는 9 CFR Mycoplasma액체배지에서 배양한 Mycoplasma 속균 및 Acholeplasma속균에 대해 $1\~100$ colony forming units/ml까지 검출할 수 있었다. 동물용생 바이러스 백신에 대해 PCR기법의 적용가능성을 평가하기 위해, 돼지 전염성위장염 및 로타바이러스 흔합백신과 개 파보바이러스 백신내에 A. laidlawii를 인공적으로 접종한 후, PCR기법의 민감도를 조사하였을 때 배양액을 이용한 검출한계와 유사하였다. 본 연구에서 사용된 PCR 기법은 동물용 생 바이러스 백신내의 mycoplasma를 신속하고 민감하게 검출할 수 있을 것으로 판단되었다.

• 치위생과학회지
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• 제9권2호
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• pp.249-255
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• 2009

본 연구는 성인성 치주염 환자의 치은연하 치면세균막을 총 60개 치아에서 채취하여 F. nucleatum과 A. actinomycetemcomitans의 동정을 위해 세균배양법, single PCR법 및 mutliplex PCR법을 실시하였고, 세균 동정법간의 비교를 통해 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. F. nucleatum과 A. actinomycetemcomitans의 동정을 위해 세균배양법, single PCR 및 multiplex PCR을 실시한 결과 F. nucleatum은 각각 12개(20.0%), 45개(75.0%), 43개(71.7%) 치아에서 양성반응을 보였지만, A. actinomycetemcomitans는 각각 0개(0.0%), 4개(6.7%), 1개(1.7%) 치아에서 양성반응이 나타났다. 2. F. nucleatum은 세균배양법에 비해 single PCR법 및 multiplex PCR법에서 높은 검출 빈도를 보여 좀 더 효율적인 세균 동정법으로 생각되었지만, 통계적으로는 유의한 차이가 없었다. 3. A. actinomycetemcomitans는 세균배양법에서 전혀 검출되지 않아 통계적으로 검정할 수 없었고, 세균 동정법간의 비교도 어려웠다. 4. F. nucleatum과 A. actinomycetemcomitans의 동정을 위한 single PCR법과 multiplex PCR법 간의 비교에서 두 세균 모두 검출 빈도에 있어서는 큰 차이를 보이지 않았지만, 통계적으로는 유의한 차이를 보였다.

• 한국컴퓨터정보학회논문지
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• 제18권6호
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• pp.1-8
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• 2013

본 논문에서는 저가의 소형 PCR 장치에 적합한 펌웨어를 설계하고 구현하였다. 제안된 펌웨어는 실행코드 크기를 최소화하기 위해서 운영체제의 도움을 받지 않고 하드웨어 인터럽트만을 이용하여 실시간 작업들을 동시에 제어한다. 또한 제안된 펌웨어는 usb 통신을 이용하여 PC로부터 동작 과정을 입력받아 마이크로콘트롤러에 연결된 부속장비들을 구동하고, 구동결과를PC로 전달하여 사용자에게 출력하는 주컴퓨터-국소장치 구조에 적합하도록 설계되었다. 제안된 펌웨어를 microchip사의 PIC18F4550 칩에 실제로 탑재하여 저가의 소형 PCR 장치를 제작하였고, 제작한 PCR 장치가 기존 상용 PCR 장치는 제작 비용과 부피를 대폭 줄이면서도 유사한 DNA 증폭 결과를 보임을 확인하였다.

• 대한임상검사과학회지
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• 제47권4호
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• pp.313-317
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• 2015

결핵균의 감염이 증가함에 따라 결핵을 진단하고 치료하는 데 있어서 빠르고 민감한 진단방법이 필수적이다. Mycobacteria를 배양하는 것이 적어도 3주에서 8주정도 기간이 걸리고, 또한 AFB의 현미경적 검경의 민감도가 낮다. 최근에는 PCR방법이 결핵균을 검출하고 진단하는데 사용되고 있다. 특히 병리조직학적 폐 외 감염의 진단을 하기 위해 실시하고 있다. 병원에서 76개의 조직검체를 배양하고 nested PCR을 실시하여 배양결과와 비교 분석 하였다. 76개의 조직검체 중 배양 결과 양성인 검체가 31개, 음성으로 나온 검체가 45개로 나타났다. 배양결과 양성인 31개 검체 중 nested PCR을 실시해서 양성으로 나온 검체 22개(71%)가 양성으로 나타났고, 배양결과 음성인 45개 검체 중 nested PCR을 실시해서 음성으로 나온 검체는 36개(80%)로 나타났다. nested PCR의 민감도는 71%이고 특이도는 80%이다. 또한 양성 예측률은 71% 음성 예측률은 80%로 나타났다. Nested PCR 방법은 민감하고 신속하게 MTC을 검출 할 수 있다.

• 한국축산식품학회지
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• 제29권5호
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• pp.647-652
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• 2009

유제품에 들어 있는 우유와 산양유를 동정하기 위해 미토콘드리아의 12S rRNA 유전자를 목표로 하는 primer을 이용하는 duplex PCR 분석을 적용하였다. 소와 산양의 특이성 primer을 이용한 duplex PCR 분석은 우유와 산양유 DNA에 대해 각각 233 bp와 326 bp의 특이성 단편을 나타냈다. Duplex PCR 분석이 라벨에 표시된 성분을 확인하기위하여 시중마트에서 구입한 15개 유제품에 적용하였다. Duplex PCR 분석 결과 4개 시유, 3개 요구르트, 1개 전지분유는 표시된 성분과 완전히 일치하였다. 그러나 7개의 조제분유 중 5개만 표시성분과 일치하고 2개 조제분유제품은 산양유와 우유가 각각 오염되어 있는 것으로 나타났다. 제안된 duplex PCR 분석은 산양유에 들어있는 우유를 0.1%까지 측정할 수 있는 민감하고 신속한 방법이다. Duplex PCR 분석은 유제품 속에 들어있는 우유와 산양유를 one-step 방법으로 동시에 탐지할 수 있다.

• The Plant Pathology Journal
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• 제31권1호
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• pp.25-32
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• 2015

Pseudomonas coronafaciens causes halo blight on oats and is a plant quarantine bacterium in many countries, including the Republic of Korea. Using of the certificated seed is important for control of the disease. Since effective detection method of P. coronafaciens is not available yet, PCR and TaqMan PCR assays for specific detection of P. coronafaciens were developed in this study. PCR primers were designed from the draft genome sequence of P. coronafaciens LMG 5060 which was obtained by the next-generation sequencing in this study. The PCR primer set Pc-12-F/Pc-12-R specifically amplified 498 bp from the 13 strains of P. coronafaciens isolated in the seven different countries (Canada, Japan, United Kingdom, Zimbabwe, Kenya, Germany, and New Zealand) and the nested primer set Pc-12-ne-F/Pc-12-ne-R specifically amplified 298 bp from those strains. The target-size PCR product was not amplified from the non-target bacteria with the PCR and nested primer sets. TaqMan PCR with Pc-12-ne-F/Pc-12-ne-R and a TaqMan probe, Pc-taqman, which were designed inside of the nested PCR amplicon, generated Ct values which in a dose-dependent manner to the amount of the target DNA and the Ct values of all the P. coronafaciens strains were above the threshold Ct value for positive detection. The TaqMan PCR generated positive Ct values from the seed extracts of the artificially inoculated oat seeds above 10 cfu/ml inoculation level. PCR and TaqMan PCR assays developed in this study will be useful tools to detect and identify the plant quarantine pathogen, P. coronafaciens.

• 한국동물위생학회지
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• 제34권1호
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• pp.13-18
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• 2011

The purpose of this study was to apply a nested-polymerase chain reaction (nPCR) assay to detect and differentiate PCV 2a and PCV 2b. The compared with nPCR and one-step PCR and nPCR showed more sensitive in the detection of PCV-2 from tissue and blood samples. The total of 52 tissue samples was collected from postweanning pigs from 2006 to 2010. All tissue samples showed positive for PCV-2 in one-step PCR and nPCR, followed by the nPCR in order to identify the genotypes of PCV-2. 2 samples (3.8%) showed positive for PCV 2a, and 35 samples were positive for PCV 2b (67.3%), 15 samples (28.9%) were positive the dual genotypes. In addition, 42 blood samples which were collected from the 5 different swine farms were compared figure out the detection rates of nPCR and one-step PCR. The PCV 2 was positive by one-step PCR in 21 samples (50.0%) and nPCR was positive in 37 samples (88.1%). The PCV 2 genotypes in blood samples and 32 samples (76.2%) were positive for PCV 2b and none were positive for PCV 2a, 5 samples (11.9%) were positive for dual genotypes. These results suggest that the nPCR is very efficient for genotyping blood samples and differentiating the genotypes of PCV-2 from field samples.

• 식물병연구
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• 제11권1호
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• pp.48-55
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• 2005

Cylindrocarpon destructans는 인삼 및 수목에 뿌리썩음병을 일으키는 토양 전염병 식물병원균이다. 신속 정확한 검출 가능성을 알아보기 위하여 종 특이적인 primer와 nested PCR 기법을 활용하여 인삼 유묘로부터 뿌리썩음 병균 C. destructans로 2차 PCR증폭을 실시한 결과 병원성이 확인된 C.destructans에서만 400bp의 종특이적 증폭산물을 얻을 수 있었다. 종 특이성 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 인삼뿌리썩음병균 DNA에 대한 반응 민감도는 최저 약 1fg으로 나타나 단 몇 개의 포자만 존재해도 검출이 가능하였다. 또한, nested PCR 기법은 실제 이병토양에 심었을 경우에도 C.destructans 에 감염된 인삼 유묘로부터만 정확하게 병원균을 검출해 내었다. 종특이적 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 본 연구 결과는 실제 재배농가에서 인삼 경작시 뿌리썩음병 진단에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.

• Journal of Genetic Medicine
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• 제9권1호
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• pp.11-16
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• 2012

Purpose: To determine a method to improve the efficacy and accuracy of preimplantation genetic diagnosis (PGD) - polymerase chain reaction (PCR), we compared hot start PCR and conventional multiplex nested PCR. Materials and Methods: This study was performed with single lymphocyte isolated from whole blood samples that were obtained from two couples with osteogenesis imperfecta (OI). We proceeded with conventional multiplex nested PCR and hot start PCR in which essential reaction components were physically removed, and we compared the amplification rate, allele dropout rate and nonspecific products. Afterward, we used selective method for PGD. Results: In the two couples, the respective amplification rate were 93.5% and 80.0% using conventional multiplex nested PCR and 95.5% and 92.0% using hot start PCR. The respective mean allele dropout rates for the two couples were 42.0% and 14.0% with conventional multiplex nested PCR and 36.0% and 6.0% with hot start PCR. Conclusion: The results demonstrate that the hot start PCR procedure provides higher amplification rates and lower allele dropout rate than the conventional method and that it decreased the nonspecific band in multiplex nested PCR. The hot start method is more efficient for analyzing a single blastomere in clinical PGD.

• 한국균학회지
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• 제46권4호
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• pp.467-477
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• 2018

탄저병균인 Colletotrichum circinans는 세계적으로 양파에 심각한 피해를 주는 병원균이다. 본 연구에서는 일반 PCR방법과 real-time PCR방법으로 C. circinan를 정확하면서도 쉽고 빠르게 검출이 가능한 특이 마커를 개발하였다. $tef-1{\alpha}$ 유전자와 ${\beta}-tubulin$ 유전자를 분석하여 C. circinan를 특이적으로 검출할 수 있는 cirTef-F/cirTef-R set와 cirTu-F/cirTu-R set를 제작하였다. 일반 PCR 방법으로 cirTef-F/cirTef-Rset는 100pg, cirTu-F/cirTu-Rset는 1ng까지 검출이 가능하였고 real-time PCR 방법으로는 각각 10 pg, 100 pg까지 검출이 가능하였다. C. circinans에 인공적으로 감염된 양파 종자에서도 cirTef-F/cirTef-Rset를 사용하여 일반 PCR방법과 real-time PCR 방법 모두 C. circinans검출이 가능하였다. 본 연구에서 개발한 C. circinans 특이 검출마커는 수출입 되는 채소 및 종자에서 빠르고 정확하게 탄저병균인 C. circinans를 검출하는데 사용될 수 있을 것이다.