• 한국자원식물학회지
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• 제27권3호
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• pp.236-241
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• 2014

A sex-linked random amplified polymorphic DNA (RAPD) marker was identified from Asparagus officinalis L. and was converted into a sequence-characterized amplified regions (SCAR) marker for the large-scale screening of male and female plants. A total of 100 arbitrary decamer oligonucleotide primers were used for the RAPD analysis. Among them, the primer UBC347 amplified one female-specific 400 base pair DNA. Subsequently, the amplified RAPD fragment was cloned and sequenced. The fragment was abundant in AT and shared sequence homology with retrotransposon elements. On the basis of the sequence obtained, a pair of SCAR primer was designed. The amplification product, named F400, was the same size as the respective RAPD fragment from which it was derived. The F400 SCAR marker resulted to be female-specific in the three asparagus varieties tested in this study. This SCAR marker can be used for an early and rapid identification of female and male plants during breeding programs of asparagus.

• 아시안잔디학회지
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• 제23권2호
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• pp.307-316
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• 2009

크리핑벤트그래스는 골프코스의 퍼팅그린에서 주로 사용하고 있는 한지형잔디 초종이다. 크리핑벤트그래스 품종들은 형태적인 특성이나 유전적인 다양성이 협소하여 품종간 구분이 매우 어렵다. 따라서 이들 품종간 유전적인 다양성이나 골프코스 그린의 인터씨딩율에 대한 조사를 위해 SCAR marker를 개발하고자 본 연구를 수행하였다. penncross, penn A-4, crenshaw, L-93, CY-2, T-1 공시품종들에 대한 SCAR marker 개발을 위해 5개 RAPD primer에 대한 품종 간 구분이 가능한 특이적 band를 선발하였다. 선발한 특이적 band의 염기서열을 분석하여 품종별 SCAR primer를 제작하였다. 각 품종의 SCAR primer별로 특이적 band가 나타나는지에 대한 여부를 검정한 결과, penncross, penn A-4, crenshaw 품종의 SCAR primer는 6개 공시품종에서 동일한 크기의 band가 나타나 SCAR marker로써 활용이 어려웠다. 하지만 CY-2의 CY850F/R primer는 850bp, T-1의 T700F/R primer는 700bp, L-93의 L2900F/R는 2.9kb에서 특이적 band가 나타나 3개 품종별 SCAR marker로서 활용이 가능하였다. 따라서 본 연구에서 개발한 3개 품종별 SCAR marker를 활용하여 크리핑벤트그래스의 품종별 유전적 다양 및 골프코스 그린의 인터씨딩율 조사에 활용이 가능할 것으로 기대된다.

• 한국육종학회지
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• 제42권2호
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• pp.139-143
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• 2010

Late blight caused by Phytophthora infestans is historically a serious epidemic disease in potato and tomato cultivations. Accession L3708 (Solanum pimpinellifolium), a new source for late blight resistance was identified in AVRDC, and carries the resistance gene, Ph-3, incompatible to P. infestans race 3. The AFLP markers linked to Ph-3 were previously developed from the L3708 accession (Chunwongse et al. 2002). To facilitate tomato breeding with the Ph-3 gene, an attempt was made to convert AFLP markers to sequence-characterized amplified region (SCAR) markers. Among 6 AFLP markers, only one AFLP marker, L87, was successfully converted to SCAR marker. The resistance-specific 230 bp AFLP fragment was cloned and sequenced, and the PCR primer amplifying a 123 bp fragment was designed. This SCAR marker could discriminate resistant and susceptible individuals with high stringency. The developed SCAR marker could be used for the marker assisted-selection in tomato breeding programs.

• 한국균학회지
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• 제39권1호
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• pp.22-30
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• 2011

원형느타리버섯의 자실체는 다발형성이 잘되고 갓 색깔이 회색이면서 수량성이 높은 중요한 품종이다. 저자들은 핵산 지문법을 이용하여 느타리종에 속하는 70품종을 3 그룹으로 나누고 이 중 원형품종이 속한 그룹 35개 품종 중 원형품종과 동일하거나 구별성이 인정되지 않는 4개 품종을 보고한 바 있다. 본 연구에서는 이들 품종을 구분할 수 있는 원형 품종 특이 분자마커를 개발하였다. 원형 품종 특이적인 SCAR marker로 개발한 'S-OPO5' primer는 1436 bp 에서 원형 유사품종인 2183, 2240, 2595, 2725 품종에서만 특이적으로 단일 band를 보였다. 이들 원형 유사품종들의 SCAR PCR 산물을 대상으로 염기서열 분석을 한 결과 nucleotide 염기서열은 NCBI database에서 상동성이 있는 유전자를 찾을 수 없었으며, 이들 5품종간의 nucleotide sequence는 99% 상동성을 보여 매우 유사하였다. 아미노산 서열을 분석한 결과는 NCBI database내에 존재하는 모든 유전자들 중 송이속에 속하는 Tricholoma bakamatsutake의 reverse transcriptase와 가장 상동성이 높은 것으로 나타났다. 본 연구를 통하여 개발된 원형특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 원형계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권5호
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• pp.724-730
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• 2006

A sequence characterized amplified region (SCAR) marker, which was tightly linked with the A1 mating type locus in Phytophthora infestans, was developed. During the random amplified polymorphic DNA-based phylogenic studies of 33 isolates of P infestans collected from year 2002 to 2004, we found an A1 mating type-specific DNA fragment. This 573-bp DNA fragment was generated only in the genomic DNA of the A1 mating types, when OPC-5 primer was used. Based on the specific DNA sequence, we designed the primer sets for generating the A1 mating type-specific 569-bp DNA fragment. When 33 genomic DNAs of P. infestans were subjected to PCR amplification using different primer combinations, the A1 mating type-specific DNA was amplified, when LB-1F and LB-2R primers were used. The specific 569-bp DNA fragment was generated only from all 18 A1 strains, but not from 15 A2 mating type strains. These results corresponded to the mating type discriminating bioassay of 33 isolates of P. infestans. Therefore, the primer combination of LB-1F/LB2R was chosen as a SCAR marker. Overall, this study indicates that the SCAR marker could be developed into a useful tool for mating type determination of P. infestans.

• 한국버섯학회지
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• 제11권3호
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• pp.171-176
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• 2013

큰느타리버섯의 저온성적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위하여 저온성 계통의 8균주와 대조구 8균주의 genomic DNA를 30 ug/ml의 농도로 bulking한 것을 주형 DNA로 사용하고 operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 RAPD를 수행하였으며 이중에서 OP-S3 primer를 사용한 PCR 산물들이 대조구와 가장 뚜렷한 차이를 나타내었다. OP-S3 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 480 bp 부근에서 저온성 계통에 특이적인 DNA band가 관찰되었으며 이 DNA band의 염기서열을 근거로 SCAR marker로 사용할 specific primer인 OP-S3-1-F와 OP-S3-1-R를 디자인하였다. SCAR marker OP-S3-1 primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서는 저온성 계통에서만 480 bp 부근에서 대조구와 구별되는 DNA band를 확인할 수 있었으며 random primer인 OP-S3 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA band를 확인할 수 있었다.

• 한국균학회지
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• 제39권1호
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• pp.31-38
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• 2011

현재 70개 이상의 느타리 품종이 유통되어 재배되고 있다. 본 연구에서는 81개 품종을 수집하여 핵산지문법으로 분석하였다. 이중 수한과 그 유사품종에서 특이하게 나타나는 밴드를 이용하여 수한 품종에 특이적인 SCAR marker로 개발하였다. 수한 품종 특이 band에 대한 clone을 기존에 알려진 유전자 염기서열과 유사성이 있는지를 확인한 결과 POMFBO1 Pleurotus ostreatus cDNA clone MFB02-A05, mRNA sequence와 92%의 homology를 나타냈고, 등록된 아미노산 서열과의 유사성을 확인한 결과 큰졸각버섯인 Laccaria bicolor의 predicted protein과 가장 높은 sequence homology (BlastX score = 73.9, E value = $5e^{-25}$)를 보였다. 본 연구를 통하여 개발된 수한특이 마커는 정확한 품종구분이 요구되는 종균유통 과정에서 수한계통 품종을 구분하는 유용한 마커로 이용될 것으로 기대된다.

• 한국버섯학회지
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• 제13권1호
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• pp.79-83
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• 2015

본 연구는 큰느타리버섯의 베타글루칸 고함유 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 9종과 베타글루칸 고함유 계통 9 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-R03 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 베타글루칸 고함유 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-R03 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 91 bp 부근에서 베타글루칸 고함유 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-R03-1-F와 OP-R03-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-R03-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 91 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 베타글루칸 고함유 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-R03 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• 한국버섯학회지
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• 제12권3호
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• pp.226-231
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• 2014

본 연구는 큰느타리버섯의 고온적응성 형질에 관련된 SCAR marker를 개발하기 위해 수행되었다. operon 사의 OPA(20개), OPB(20개), OPL(20개), OPP(20개), OPR(20개), OPS(20개) 등 총 120개 primer를 random primer(10 mer)로 사용하여 대립 계통 7종과 고온성 계통 7 종을 대상으로 RAPD를 이용한 bulked segregant analysis를 실시하여 OP-A06 primer로부터 대립 계통에는 나타나지 않고 고온성 계통에만 나타나는 특이적인 RAPD 밴드를 얻었다. OP-A06 primer를 이용한 RAPD 결과, 약 385 bp 부근에서 고온성 계통에 특이적인 DNA 밴드가 관찰되었으며 이 DNA 밴드의 염기서열 말단을 근거로 SCAR 마커로 사용할 specific primer인 OP-A06-1-F와 OP-A06-1-R를 디자인하였다. SCAR 마커 OP-A06-1-F/-1-R primer를 이용하여 PCR을 수행한 결과에서도 385 bp 부근에서 대립 계통과 구별되는 DNA 밴드가 고온성 계통에서 확인되었으며 random primer인 OP-A06 primer를 이용하여 PCR을 수행했을 때보다 재현성이 높고 진한 DNA 밴드임을 확인할 수 있었다.

• 생명과학회지
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• 제14권3호
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• pp.521-524
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• 2004

본 연구는 short oligonucleotide primer를 이용하여 마 품종간 유전 분석을 실시 하고자 PCR증폭 기법을 확립하고, 확립된 기술을 이용하여 제주도에 사육중인 천념기념물 347호로 등록된 제주말과 경주마로 잘 알려진 더러브렛간의 유전적인 다양성을 분석한 결과 마 품종간 차이를 보이는 DNA marker는 9개의 primer에서 확인되었으며, 이중 6개의 primer에서 더러브렛 특이 밴드와 나머지 3개에서 제주 마 특이 RAPD 밴드가 확인되어 cloning과 sequencing후에 SCAR primer를 제작하여 마 품종 식별에 활용할 수 있을 것으로 사료되며, 본 연구결과 RAPD표지인자는 마 품종간의 유전 분석에 매우 유용한 것으로 판단되었다.