• ALGAE
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• 제18권3호
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• pp.183-190
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• 2003

Except for a group I intron in trnL-uaa occuring in eubacteria and plastids, group I introns are rarely documented in plastid genomes. Here, we report that a green alga, Caulerpa sertularioides, contains three group IA3 introns in the 16S gene (cpSSU), CS-cpSSU.i1, CS-cpSSU.i2 and CS-cpSSU.i3. Each intron has an open reading frame with LAGLIDADG motifs. CS-cpSSU.i1orf and CS-cpSSU.i3orf occur at Loop 6 in the intron secondary structure and CScpSSU. i2orf at Loop 8. CS-cpSSU.i1orf and CS-cpSSU.i2orf contain both LAGLI-DADG motifs but CS-cpSSU.i3orf has only one. CS-cpSSU.i1 and CS-cpSSU.i2 share the insetion sites and the ORFs at Loop 6 and 8 with CpSSU·1 and CpSSU·2 introns of Chlamydomonas pallidostigmatica (Chlorophyceae). In contrast, CS-cpSSU.i3, containing 28 copies of GAAATAT at Loop 6, is a novel intron found only in Caulerpa sertularioides. Possible scenarios of the evolution of the three introns and their possible use in systematic research are discussed.

• 생약학회지
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• 제47권3호
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• pp.264-272
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• 2016

This study was carried out to evaluate the preventive effect of the Corni Fructus (SSU) 50 % EtOH extract (SSU-E50) against bisphenol A (BPA) toxicity in Leydig cells and improving testosterone deficiency syndrome in orchidectomized Sprague-Dawly (SD) rats. Antioxidant properties were measured by radical scavenging activity of SSU-E50 in ABTS assay and DPPH assay. Also, real-time polymerase chain reaction(real-time PCR) was performed to quantify the mRNA expression levels of antioxidant enzyme. SD rats were divided into eight group: normal, sham operation (Sham), orchidectomized (ORX), ORX treated with testosterone 1 mg/kg (Tes. 1), ORX treated with SSU water extract 100 mg/kg (SSU-A 100) and 300 mg/kg (SSU-A 300), ORX treated with SSU 50 % EtOH extract 100 mg/kg (SSU-E 100) and 300 mg/kg (SSU-E 300). On a comparative basis, the SSU showed better activity quenching ABTS with an IC50 value of 0.29 mg/ml and DPPH with an IC50 value of 0.33 mg/ml. Cell viability was evaluated by MTS assay as described not cytotoxic at the highest concentration of $500{\mu}g/ml$. Cytotoxicity of BPA showed in $200{\mu}M$, but definitely survived by treatment with SSU in Leydig cells. In addition, SSU increased the mRNA expression levels of antioxidant enzyme in BPA induced Leydig cells. Superoxide dismutase (SOD) level was slightly increased and malondialdehyde (MDA) level was decreased with SSU-A 100 in in-vivo. These results suggest that Corni Fructus extracts have the greatest property as a natural anti-oxidative and improves testosterone deficiency syndrome source.

• 미생물학회지
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• 제44권4호
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• pp.271-276
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• 2008

최근 단백질 합성 과정 중 라이보솜의 일시적인 정지에 의한 라이보솜의 A자리에서 전사체가 분해되는 현상이 여러 생명체에서 보고되었다. 이러한 현상이 라이보솜의 작은 소단위체를 이루고 있는 SSU rRNA의 기능과 관련 있는지를 알아보기 위해, SecM에서 유래한 접착펩타이드에 의한 라이보솜 정지를 우회하는 SSU rRNA 돌연변이체 발굴을 위한 유전학적 시스템을 개발하였다. 이 시스템에서는 SecM에서 유래한 접착펩타이를 포함하는 CAT 단백질을 코딩하는 CAT-SecM 전사체가 플라스미드에서 유래한 SSU rRNA를 포함한 재조합 라이보솜에 의해서만 해독된다. 이러한 재조합 라이보솜은 접착펩타이드를 합성한 후 CAT-SecM mRNA 상에서 일시 정체하며, 재조합 라이보솜의 발현은 이 전사체의 양을 감소시키는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 개발된 시스템을 이용해 라이보솜 검지를 우회하는 SSU rRNA 돌연변이체의 선별이 가능하다는 것을 보여주며, 이러한 변이체에 대한 연구는 단백질 합성 단계에서 일어나는 라이보솜 정지와 전사체 절단 현상에 있어서, SSU rRNA의 역할을 규명하는데 기여할 것이다.

• 응용통계연구
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• 제24권2호
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• pp.393-400
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• 2011

조사비용과 시간과 같은 현실적인 제약하에서 관측단위 (observation unit)의 집합인 집락(cluster)율 추출하는 집락추출법은 대부분의 대형조사(large scale survey) 에서 흔히 사용된다. 특별히 집락내의 관측단위가 매우 유사한 경우, 집락 내의 모든 관측치를 조사하는 대신 일부를 추출하여 조사하는 이단계 집락 추출법이 선호된다. 이단계 집락추출법의 적용시 집락인 1차추출단위 (Primary Sampling Unit; PSU)와 관측단위인 2차추출단위(Secondary Sampling Unit; SSU)의 표본수 결정은 주어진 비용과 표본으로부터 계산되어지는 통계량의 정도에 의존한다. 본 연구에서는 기존의 1차추출단위의 크기가 동일하다는 가정하에서 유도된 최적 PSU와 SSU 표본크기 산출과정을 일반화하여 1차추출단위의 크기가 같지 않을 경우의 최적 표본크기를 유도하고 그 결과를 제 4차 퇴원환자조사를 위한 표본추출 방안에 적용하여 기존방법과 비교하였으며 이를 바탕으로 제 7차 퇴원환자조사를 위한 표본크기를 제안하였다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제36권1호
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• pp.47-54
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• 1998

소의 주혈원충인 Reileria sp.의 small subunit ribosomal RMh (SSU rRNA) 유전자의 염 기서 열분 석을 위해 한국의 전북 장수로부터 분리하여 계대보관 중인 실험실 보관주 (KLS)와 김제 분리주 (KCB), 그리고 일본의 Shintoku 분리주 (JHS)를 실험에 사용하였다. 이들 분리주로 부터 원충을 회수 한 후 유전자를 추출하여 중합효소연쇄반응에 의 해 1.8 kb의 SSU rRNA 유전자를 증폭시 킬 수 있었으며, 증폭된 유전자를 이용하여 클론을 제작하고. 이들 클론으로 부터 플라스미드를 추출하여 유전자 염기서열분석을 실시하였다. 각 ReTheileria 분리주의 SSU rRNA유전자의 염기서열분석은 forma터와 reverse양쪽 다중복하여 실시하였으며 연속적인 primer를 이용하였다. 그 결과 한국의 소로부터 분리 한 Theue4n sp. (KLS. KCB)의 SSU rRNA유전자 염 기서 열 (Type A로 명명하였슴)은 일본 분리주와 동 일하였으며, 이 Type A를 GenBank로부터 유전자 검색을 해본 결과 Kenya의 Marula 분리주인 Reixerin buffeli의 SSU rRNA유전자 염기서열과 일치 하였다.

• 생태와환경
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• 제40권3호
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• pp.387-394
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• 2007

해양 같은 지리적 장벽에도 불구하고, 많은 담수조류는 세계의 다른 대륙에 서식하고 있다. 단세포 담수조류, Mallomonas caudata는 북반구의 미국, 유럽, 및 아시아에서 흔하며, 기후변화 감지나 수화현상 감시 같은 인간생활에 밀접하게 관련되어 있다. 본 종의 계통과 국내출현을 설명하기 위해 여섯 군데의 저수지에서 채집된 균주로부터 엽록체 rbcL과 핵 SSU유전자를 염기서열 분석하였다. 또한, 한국산 균주의 전자현미경적 구조를 조사하였다. 한국과 미국산 종의 SSU염기서열은 0.06%가, rbcL은 0.45%의 차이로 거의 동일하였다. 두 유전자를 이용한 계통수에서 본 종은 속의 다른 종들과 분명히 분리되지만, 단계통군은 아니었다. 근형질은 기저체의 다층판에 부착된 가로무늬의 microfibril들로 구성되어 있었으며, microfibril들의 끝은 핵의 표면 위에 배열되어 있었다. 이 근형질은 Synurophyceae에서 전형적으로 보이는 기저체-핵 연결자이다. Mallomonas가 SSU와 rbcL자료에 의해 지지되지 않는 결과는 분류군 추가와 함께 좀더 연구되어야 할 것으로 사료된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권5호
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• pp.959-966
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• 2004

Twenty-three cultures of harmful algal bloom (HAB)-(causing dinoflagellates were isolated from the coastal waters of Korea. For each of the 14 morphospecies, the nuclearencoded small subunit (SSU) rDNA was analyzed to determine the phylogenetic relatedness of the species. Despite temporal and spatial isolation, 3-4 clonal cultures of Alexandrium catenella, Cochlodinium polykrikoides, and Gymnodinium catenatum had 100% identical SSU rDNA sequences. In contrast, heterogeneities in the SSU rDNA sequences were observed in Akashiwo sanguinea and Lingulodinium polyedrum strains. Extreme sequence polymorphism was shown within the SSU rRNA genes of an Al. tamarense clonal culture. A homology search in GenBank revealed that 11 dinoflagellate species were located in clusters corresponding to their morphological classification. The SSU rDNA sequences of C. polykrikoides, Gyrodinium instriatum, and Pheopolykrikos hartmannii, which were determined for the first time in this study, showed the following phylogenetic relationships: C. polykrikoides formed an independent branch separated from other dinoflagellates; Gyr. instriatum was placed in a monophyletic group with Gyr. dorsum and Gyr. uncatenum; and Ph. hartmanii, which forms a distinct two-celled pseudocolony, belonged to Gymnodinium sensu Hansen and Moestrup.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제38권4호
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• pp.274-278
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• 2022

One marine ciliate, Diophrys quadrinucleata Zhang et al., 2020 was newly recorded from South Korea in this study. We provided morphological diagnosis and images of the Korean D. quadrinucleata population. We determined the small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) and cytochrome oxidase subunit I (CO1) sequence data of D. quadrinucleata, and then the sequences were compared with other Diophrys species. Intra-specific variation between the Korean and type (Chinese) populations was identical in the SSU rDNA, while the inter-specific variations between seven Diophrys species were 0.3-3.8% in the SSU rDNA and 12.6-18.2% in the CO1. In this study, we obtained 18S and CO1 data from species with identified morphology. As the importance of securing 18S and CO1 based on morphology increases in current studies, this study will contribute to ciliate studies.

• 미생물학회지
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• 제49권3호
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• pp.270-274
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• 2013

서양뒤영벌(Bombus terrestris)은 꿀벌의 봉군붕괴증후군(colony collapse disorder)에 대한 대체 화분매개곤충으로서 농업분야에서 중요한 역할을 하고 있다. 최근 서양뒤영벌에서 바이러스, 세균, 응애 등의 여러 병원체와 기생체가 발견되었고, 이들은 서양뒤영벌의 수명과 생식력 등에 영향을 주는 것이 알려져 있다. 서양뒤영벌 야외개체군에서 Nosema spp.를 탐지하기 위해, 서양뒤영벌 성충으로부터 genomic DNA를 추출하여 Nosema spp. 유전자들에 대해 polymerase chain reaction (PCR)을 수행하였다. 이들 유전자 중에서 small subunit ribosomal RNA (SSU rRNA) 유전자만이 증폭되었고, 염기서열분석을 통해 N. ceranae로 확인된 것은 조사된 야외개체군에서 N. ceranae가 서양뒤영벌의 주된 감염체임을 보여준다. Quantitative real-time PCR (qRT-PCR)을 이용하여 SSU rRNA 유전자를 탐지하기 위해, 먼저 PCR을 통해 SSU rRNA 유전자의 2개 영역에 대한 유전자 특이적 증폭을 확인하였다. qRT-PCR을 이용하여 각 개체에서 얻은 genomic DNA의 순차적인 농도희석를 통해 $0.85ng/{\mu}l$ 이하의 genomic DNA 농도에서도 SSU rRNA 유전자가 성공적으로 증폭되는 것이 확인되었다. 이러한 실험 결과, qRT-PCR를 이용한 N. ceranae 특이 유전자 증폭은 서양뒤영벌의 병원체 감염 진단 뿐만 아니라 생태계 위해성 평가에도 활용될 수 있을 것으로 사료된다.

• ALGAE
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• 제19권2호
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• pp.79-90
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• 2004

Nuclear DNA contents of spermatia from eight ceramiacean and four dasyacean algae (Ceramiales, Rhodophyta) and microspores from two land plants were estimated by fluorescence microscopic image processing and their nuclear SSU rDNA sequence data were analyzed. In frequency distribution patterns, the DAPI-stained nuclear volume (NV) of spermatia showed two peaks corresponding to 1C and 2C. Nuclear 2C DNA contents estimated from NV were 0.45-2.31 pg in ceramiacean and 0.40-0.57 pg in dasyacean algae and 8.42-9.51 pg in two land plants, Capsicum annuum and Nicotiana tabacum. By nuclear patterning of vegetative cells derived from an apical cell, 2C DNA contents of spermatia were 2.31 pg in an alga having uninucleate and non-polyploid nucleus (Aglaothamnion callophyllidicola), 0.45-1.94 pg in algae having uninucleate and polyploid nucleus (Antithamnion spp. and Pterothamnion yezoense), and 0.40-0.62 pg in algae having multinucleate and non-polyploid nuclei (Griffithsia japonica and dasyacean algae). Each mature spermatium and microspore (pollen grain) seemed to have a 2C nucleus, which may provide a genetic buffering system to protect the genetic content of a spermatium and microspore from potentially lethal mutations. Nuclear DNA content and SSU rDNA sequence of Antithamnion sparsum from Korea were reasonably different from those of Antithamnion densum from France. The data did not support the previous taxonomic studies that these two taxa could be conspecific.