• 한국가금학회지
• /
• 제33권4호
• /
• pp.249-254
• /
• 2006

본 연구는 재래닭의 성장 관련 유용 유전자를 검색하기 위하여, 재래닭에서 발현되는 유전자와 코니쉬에서 발현되는 유전자를 subtraction하여 cDNA library를 구축하고, 염기서열을 밝혀서 재래닭 특이 유용 유전자를 검증하고자 하였다. cDNA library에서 얻은 clone들의 염기서열을 분석하여 나타난 결과를 5개의 clone을 비교 분석하였다. Clone NDS-1(618nt)은 비록 타 종과의 상동성은 낮으나(10%) 해당 과정에서 중요한 역할을 담당하는 triosephosphate isomerase이며, Clone NDS-6(651nt)는 자에서 해당 과정에 관여하는 glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase로 여겨진다. 그러나 3가지 유전자(clone NDS-2, NDS-10, NDS-12)는 다른 유전자들과 비교하여 5.0%내외의 낮은 상동성을 보이고 고등 동물과 거의 유사성이 없으므로 재래닭 특이 성장 관련 유용 유전자일 가능성이 있다.

• Journal of Microbiology
• /
• 제42권1호
• /
• pp.9-13
• /
• 2004

Culture-independent approaches, based on 16S rDNA sequences, are extensively used in modern microbial ecology. Sequencing of the clone library generated from environmental DNA has advantages over fingerprint-based methods, such as denaturing gradient gel electrophoresis, as it provides precise identification and quantification of the phylotypes present in samples. However, to date, no method exists for comparing multiple bacterial community structures using clone library sequences. In this study, an automated method to achieve this has been developed, by applying pair wise alignment, hierarchical clustering and principle component analysis. The method has been demonstrated to be successful in comparing samples from various environments. The program, named CommCluster, was written in JAVA, and is now freely available, at http://chunlab.snu.ac.kr/commcluster/.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제21권4호
• /
• pp.333-340
• /
• 2011

Herbicide-tolerant Zoysia grass has been previously developed through Agrobacterium-mediated transformation. We investigated the effects of genetically modified (GM) Zoysia grass and the associated herbicide application on bacterial community structure by using culture-independent approaches. To assess the possible horizontal gene transfer (HGT) of transgenic DNA to soil microorganisms, total soil DNAs were amplified by PCR with two primer sets for the bar and hpt genes, which were introduced into the GM Zoysia grass by a callus-type transformation. The transgenic genes were not detected from the total genomic DNAs extracted from 1.5 g of each rhizosphere soils of GM and non-GM Zoysia grasses. The structures and diversities of the bacterial communities in rhizosphere soils of GM and non-GM Zoysia grasses were investigated by constructing 16S rDNA clone libraries. Classifier, provided in the RDP II, assigned 100 clones in the 16S rRNA gene sequences library into 11 bacterial phyla. The most abundant phyla in both clone libraries were Acidobacteria and Proteobacteria. The bacterial diversity of the GM clone library was lower than that of the non- GM library. The former contained four phyla, whereas the latter had seven phyla. Phylogenetic trees were constructed to confirm these results. Phylogenetic analyses of the two clone libraries revealed considerable difference from each other. The significance of difference between clone libraries was examined with LIBSHUFF statistics. LIBSHUFF analysis revealed that the two clone libraries differed significantly (P<0.025), suggesting alterations in the composition of the microbial community associated with GM Zoysia grass.

• Journal of Microbiology
• /
• 제45권1호
• /
• pp.1-5
• /
• 2007

The bacterial compositions between the dental unit water system and human saliva were characterized and compared by direct sequence analysis of 16S rDNA clone libraries. Based on the species richness estimation, bacterial diversity in the dental unit water system (DUW) was more diverse than that of the human saliva (HS). The Chaol estimates of species richness in HS and DUW samples were 12.0 and 72.4, respectively. The total numbers of OTUs observed in the combined libraries accounted for 83% (HS) and 59% (DUW) of the Chaol diversity estimate as defined at the 80% similarity threshold. Based on the sequence analysis, the phylum Proteobacteria was the major group in both clone libraries at phylum level. DUW clone library contained 80.0% Proteobacteria, 8.0% Bacteroides, 4.0% Nitrospira, 4.0% Firmicutes, 2.0% Planctomycetes and 2.0% Acidobacteria. On the other hand, human saliva (HS) clone library contained 55.5% Proteobacteria, 36.1% Firmicutes and 8.4% Bacteroides. The majority of bacteria identified belonged to phylum Proteobacteria in both samples. In dental unit water system (DUW), Alphaproteobacteria was detected as the major group. There was no evidence of the bacterial contamination due to a dental treatment. Most sequences were related to microorganisms derived from biofilm in oligotrophic environments.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
• /
• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
• /
• pp.108.1-108
• /
• 2003

Soil metagenome is untapped total microbial genome including that of the majority of unculturable bacteria present in soil. We constructed soil metagenomic library in Escherichia coli using DNA directly extracted from two different soils, pine tree rhizosphere soil and forest topsoil. Metagenomic libraries constructed from pine tree rhizosphere soil and forest topsoil consisted of approximately 33,700 clones and 112,000 clones with average insert DNA size of 35-kb, respectively. Subsequently, we screened the libraries to select clones with antimicrobial activities against Saccharomyces cerevisiae and Agrobacterium tumefaciens using double agar layer method. So far, we have a clone active against S. cerevisiae and a clone active against A. tumefaciens from the forest topsoil library. In vitro mutagenesis and DNA sequence analysis of the antifungal clone revealed the genes involved in the biosynthesis of antimicrobial secondary metabolite. Metagenomic libraries constructed in this study would be subject to search for diverse genetic resources related with useful microbial products.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제16권1호
• /
• pp.153-157
• /
• 2006

A soil metagenomic library was constructed using an E. coli-fosmid cloning system with environmental DNAs extracted from Kwangreung forest topsoil. We targeted the genes involved in the biosynthesis of bacterial polyketides. Initially, a total of 36 clone pools (10,800 clones) were explored by the PCR-based method using the metagenomic DNAs from each pool and a degenerate primer set, which has been designed based on the highly conserved regions among ketoacyl synthase (KS) domains in actinomycete type I polyketide synthases (PKS Is). Six clone pools were tentatively selected as positive and further examined through a hybridization-based method for selecting a fosmid clone containing PKS I genes. Colony hybridization was performed against fosmid clones from the 6 positive pools, and finally 4 clones were picked out and confirmed to contain the conserved DNA fragment of KS domains. In this study, we present a simple and feasible sorting method for a desired clone from metagenomic libraries.

• 식물조직배양학회지
• /
• 제26권2호
• /
• pp.121-126
• /
• 1999

참나물 (Pimpinella brachycarpa)의 엽병 (petiole)절편체로부터 캘러스가 MS배지 (0.5mg/L 2,4-D와 0.1mg/L BAP)에서 유도되었으며 이들 캘러스로부터 치밀하게 배열된 세포집단(cell cluster)을 선발하여 현탁배양하였다. 이들 현탁배양세포들은 0.1 mg/L NAA가 포함된 MS고체배지에 배양되어 배발생 (embryogenic) 캘러스로 성장하였다. 배발생캘러스는 연한 노란색을 띠며 체세포배로 분화되었으며 이들 체세포배는 MS액체배지에서 발아되어 식물체로 성장하였다. 참나물 현탁배양세포 유래 배발생캘러스로부터 분리한 mRNA로부터 cDNA library를 합성하여 PCR을 수행한 결과 제조된 library의 삽입절편의 크기가 대부분 500bp이상임을 확인하였다. 이들 cDNA library로부터 전체 1.5 $\times$$10^{6}$개의 plaque를 혼성화하여 일차의 screening을 통해 19개의 cDNA clone을, 이차의 screening을 통해 5개의 cDNA clone을 얻었으며 이중 4개의 cDNA clone은 참나물 shoot의 HD-Zip 유전자인 Phz4 유전자와 동일한 약 1.4 kb 정도인 것으로 나타났으나, 1개의 cDNA clone, Phc5는 약 1.5kb정도의 크기를 나타내었다. 1.5kb인 Phc5는 Phz4유전자의 5'쪽으로 163bp의 염기가 추가로 발견되어 총 1,531 bp에 해당하였으며 18개의 polyA tail을 가지고 있었다. Phc5는 284번째에 ATG개시코돈이 있고 302개의 아미노산을 암호화하는 906개의 단백질 암호화 부위와 Homeodomain을 갖고 있었다. Phc5로부터 추정된 단백질은 기존 전사조절자에서 많이 보고된 HD의 구조적 특징을 갖고 있었다.

• 한국수정란이식학회지
• /
• 제13권2호
• /
• pp.159-172
• /
• 1998

사람 성장호르몬 수용체(hGHR) cDNA는 PCR방법에 의하여 fagment로서 보고되어진 바 있으나, liver cDNA로 부터 전장을 cloning한 보고는 없는 실정으로 본 연구에서는 기능을 가진 약 4.6kbp의 cDNA hGHR을 cloning 하는데 성공하였다. 먼저 cloning하기 위하여 human liver mRNA와 human breast cancer tissue로부터 회수한 mRNA를 RT-PCR방법에 의하여 human cDNA library와 cloning에 필요한 probe를 제작하였다. human library mRNA는 GT-PCR방법에 의하여 증폭하여 증폭되어진 산물은 λZAP Vector를 이용하여 cDNA library를 구축하였고,screeing을 위하여 임 보고 되어진 hGHR fragment native sequence를 기초로 N-terminal부분의 primer를 설계하여 950bp의 probe를 얻는데 성공하였다. 이 probe를 이용하여 준비된 human liver cDNA library로부터 2.5$\times$10 6개의 plaque로부터 6개의 positive clone을 획득하였고, 이들중 poly Asignal인 "AATAAA"를 포함하고 있는 가장 긴 약 3.8kbp의 clone을 sequencing한 결과 open reading frame을 포함하고 있었으나, 5'부분의 결손되어 있었다. 그리하여 이 부분은 human breast cancer tissue로 부터 회수한 mRNA를 RT-PCR에 의하여 증폭하였고, sequencing결과 이미 보고되어진 native hGHR와 비교한 결과 하나의 nucleotide가 silent mutation으로 판명되었다.한편 human liver cDNA library로부터 cloning한 3.8cp의 positive clone의 5'end의 결손된 부분에 silent mutation된 PCR 산물을 연결함으로써 native hGHR와 유사한 cDNA hGHR subcloning에 성공하였다. 이러한 cDNA hGHR의 clone이 function을 가지고 있는지를 검토하기 위하여 eukaryotic 발현 vector인 pCXN2에 의거 ligation한 후 chinese hamster ovary cell[CHO-KI]에 transfect를 실시하였다. Dexamethasone은 첨가하지 않고 hGH만의 존재하에서 이들 cell을 배양시키고 cell menbrane에서 발현 여부를 판정키 위하여 hGHR monocloual antibody를 사용하여 flow cytometery해석을 실시하는 한편 125I-hGH binding assay에 의하여 hGH binding activity를 측정하였다. 최종적으로 GH signal transduction의 target genedf으로 알려져 있는 serine protease inhibitor 2.1(Spi 2.1) gene의 promotor activity를 검토한 결과 hGHR을 transfect한 CHO Cell에 있어서 hGH의 농도에 의존적으로 증가되었다. 따라서 본 실험에서 cloning한 cDNA hGHR는 native hGHR와 같은 기능을 가지는 것으로 판명되었다.것으로 판명되었다.

• 미생물학회지
• /
• 제45권2호
• /
• pp.228-231
• /
• 2009

고추 역병을 야기하는 Phytophthora capsici 는 짧은 시간 내에 많은 면적에 피해를 주는 병으로 한번 발생하면 방제가 어려운 병으로 알려져 있다. 이러한 역병 곰팡이의 방제를 위하여 본 연구에서는 P. capsici의 염색체 복제 및 세포 골격 유지 등에 관여하는 단백질인 microtubule의 형성 저해를 유도하는 물질을 탐색하여 궁극적으로 고추역병 방제를 위한 연구를 진행하였다. 먼저 P. capsici alpha 및 beta tubulin을 E. coli BL21(DE3)에서 발현시켜 분리 정제하여 in vitro microtubule 형성을 확인하였다. P. capsici microtubule 형성 저해 metagenome clone 스크리닝을 위하여 경기도 수원의 여기산 토양에서 metagenome을 분리하여 library를 제작하여 Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET) 방법을 이용하여 P. capsici microtubule 형성을 저해하는 화합물을 탐색하였다. In vitro 스크리닝에서 약 384개의 metagenome library에서 2종의 clone을 선택하여 고추작물에 직접 방제하여 역병균의 생장 억제를 확인하였다. 이는 차후 고추역병 방제제 개발에 있어 중요한 후보물질뿐만 아니라 metagenome library를 이용한 새로운 방법의 개발이라 사료 된다. 또한 in vitro 스크리닝에서 얻어진 2종의 metagenome clone의 염기서열을 분석하여 항역병 활성에 관련하는 DNA 서열을 확보하고 이를 응용하여 물질을 생산 할 경우, 현장에서 활용 할 수 있는 효과 큰 친환경 천연고추역병 방제제로서의 개발 가능성을 가진다는 점에서 본 연구결과는 매우 의미 있는 결과라 생각된다.

• 생명과학회지
• /
• 제6권4호
• /
• pp.286-292
• /
• 1996

Angiogenesis is a fundamental process by which new blood vessels are formed. It is essential in embryo development, and wound healing. Furthermore, malignant tumor growth and metastasis are also angiogenesis-dependent. In the catilage tissue, normal angiogenesis process is suppressed. In fact, it was reported that angiogenesis-inhibitory substances were isolated from the extracts of cow and shark catilage tissue. In order to isolate genes involved in the regulation of angiogenesis from a catilage fish, we constructed a shark cDNA library from Scylliohinus torazame. We then screened the library using hyman tissue inhibitor of matrix metalloproteinase-1 (TIMP-1) gene as a probe. Among the 4 X 10$^{4}$ plaques screened, we isolated 2 positive clones (T-1, T-2). Restriction enzyme analysis revealed that the T-1 clone contains 0.8 kb cDNA insert, and the T-2 clone contains 1.2 kb and 2.2 kb inserts, respectively. Further DNA sequence analysis shows that the DNA sequence of the T-1 clone is 53% homologous to that of the human TIMP-1 gene.