• 제목/요약/키워드: phenogram

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RAPD를 이용한 한국산 줄장지뱀(Reptilia: Squamata)의 종내 다양성에 관한 연구 (Intraspecific Diversity of Korean Takydromus wolteri(Reptilia: Squamata) Based on Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Analysis)

  • 장민호;송재영;정규회
    • 환경생물
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    • 제22권2호
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    • pp.295-299
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    • 2004
  • 한반도 전지역에 줄장지뱀이 서식하고 있지만, 이 종에 대한 연구는 거의 전무한 상태이다. 한반도의 5지역(경기도, 충청북도, 제주도, 전라남도, 경상남도)의 한국산 줄장지뱀에 대해 RAPD method를 통한 종내 유전적 차이를 비교하였다. 총 28개의 primer를 사용하였고, 그 중 유의성이 있는 17개의 primer에 대한 결과를 Nei's(1972) genetic distance를 통해 유전적 거리와 UPGMA 방법을 통한 phenogram을 구하였다. 그 결과 총 68개의 밴드를 확인했고,이 중 87%인 59개의 polymorphism이 확인되었다. 이를 통한 phenogram에서는 GG1, GG2, CB1, CB2, JN이 Group 1을 이루었으며,JJ1, JJ2, GN이 Croup 2를 이루었다. 줄장지뱀의 경우 지리적 격리를 통한 집단간의 종내 변이가 발생한 것으로 추정된다. 특히, 경상남도 지방의 유전적 독립성이 두드러지는데, 이는 다른 분류군인 어류나 양서류에서도 나타나고 있다. 따라서 이들 집단에 대한 형태적, 생태적 그리고 다른 유전적 분석 등을 통한 추가적인 연구가 필요할 것이라고 판단된다.

수리분류학적 방법에 의한 비유황 광합성 세균 분류 (Numerical Classification of Phototrophic Nonsulfur Bacteria)

  • 이현순;이상섭;윤병수
    • 미생물학회지
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    • 제23권3호
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    • pp.235-240
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    • 1985
  • 비유황 광합성 세균(Family Rhodospirillaceae) 에 속하는 16종에서 총 10개의 주요 형젤을 션택하여 Farris의 방볍에 따라 Phenetic 빛 C I adi s tic분석을 행 하였다. 얻어 진 phenogram과 cladistic tree를 Bergey's manual 및 다른 결과들과 비교하였다. 비유황성 광합성 세균들과 4 개 또는 5 개의 subgroup (genus)으로 나누어졌으며. 특히 Rhodospirillum tenue와 Rhodopseudomonas gelatinosa는 밀접한 유연관계가 있음을 나타내었고, 또한 R Rhodomicrobium vanielii와 Rhodopseudomonas 속의 몇몇 종들 사이에는 큰 차이점을 보이지 않는 것으로 나타 났다

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RAPD markers에 의한 한국산 때죽나무과(Styracaceae)식물의 유연관계 (Analysis of Relationship of the Korean Styracaceae by RAPD Markers)

  • 김혁진;태경환;김주환
    • 식물분류학회지
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    • 제37권2호
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    • pp.143-153
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    • 2007
  • 한국산 때죽나무과 식물 2속 2분류군(때죽나무, 쪽동백나무, 좀쪽동백나무, 나래쪽동백)에 대한 속간, 종간 및 종내 지역별 개체군간의 유연관계를 조사하기 위하여 RAPD 분석을 수행하였다. 반응을 보인 15개의 random primer에서 238개의 유전자 표지밴드가 나타났으며, 이를 근거로 UPGMA Phenogram을 작성하였다. 4종의 개체군들은 3개의 유집군으로 묶이는 결과를 보였다. 첫 번째 유집군은 때죽나무 개체군, 두 번째 유집군은 쪽동백나무 개체군-좀쪽나무 개체군이 묶였고, 세 번째 유집군은 나래쪽동백 개체군으로 유집되었다. 취급된 분류군들 중 두 번째 유집군에 속하는 쪽동백나무-좀쪽동백나무가 가장 밀접한 유연관계를 갖는 것으로 밝혀졌다. 따라서 RAPD 분석으로 속과 종을 분류할 수 있었다.

삼백초와 식물 2종의 지역개체군별 RAPD 분석 (RAPD Analyses on the Regional Populations of Two Species of Saururaceae in Korea)

  • 태경환;김용현;도재화;김주환
    • 한국자원식물학회지
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    • 제20권4호
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    • pp.272-280
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    • 2007
  • 삼백초과식물 2속 2종에 대한 30개 지역별 개체군의 유전적 상관관계를 알아보기 위해 RAPD 분석을 실시하였다. PCR 과정을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 300bp에서 2,000bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 총 16개의 oligoprimer를 이용한 효소중합반응에서 156개의 유효한 polymorphic band makers를 확인하였고 이러한 자료에 근거하여 2종의 종내 개체군 군집에 대한 UPGMA phenogram을 도출하였다. 이 결과 유집형태에 근거하여 재배지 개체군과 자연집단 개체군과의 구분이 가능하였고 또한 지역별 개체군들끼리 유집되는 결과를 보였다. 2종 모두에서 지역별 개체군중 경남의 개체군과 제주도의 개체군이 전남의 개체군에 비해 유연관계가 밀접한 것으로 밝혀졌다. 따라서 RAPD 분석은 삼백초과 식물의 개체군별 유연관계를 분석하거나 재배집단과 자연집단을 분석하는데 유용한 실험적 방법으로 생각된다.

한국 음나무(두릅과) 집단의 형태적 분석 (Morphological Analysis on the Kalopanax pictus (Araliaceae) of Korean Populations)

  • Jung, Sang-Duk;Hong, Jung-Hee;Bang, Kyung-Hwan;Huh, Man-Kyu
    • 생명과학회지
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    • 제14권3호
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    • pp.400-405
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    • 2004
  • 한국내 분포하는 음나무(Kalopanox pictus Nakai)의 집단간 분화를 연구하기 위해 형태적 특성을 조사하였다. 23개 형태 형질에 근거하여 지역간 분화는 현저하였다. 아홉 집단에서 138표본으로 유효한 분류학적 단위(OTU)를 표현형 유사도와 형태적 변이를 조사하였으며 주성분 분석을 실시하였다. 첫 세 주성분 요소가 전체 변이의 77.0%에 관련이 있었다. 이 중 첫 번째 주성분 요소가 전체 변이의 52%에 기여하였는데 이에 해당되는 형질은 장상복엽의 장상렬의 수, 그리고 장상렬의 폭이다. 형태적 변이에 근거한 군집분석에서 우리나라 남부와 중부지방의 두 그룹으로 나누어졌다.

한국 산딸기 집단에서 잎 형태 특성에 나타난 표현형 변이 (Phenetic Variability in Leaf Morphological Characteristics of the Korean Rubus crataegifolius Populations)

  • 조철민;허만규;김세현;조계중;강창완
    • 생명과학회지
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    • 제19권10호
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    • pp.1382-1388
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    • 2009
  • Rubus crataegifolius is a shrub species and is primarily distributed throughout Asia and Europe. We collected 550 representative samples of the eleven populations in Korea to estimate leaf variation within species. The 35 morphological characteristics allowed us to resolve well-supported fixed characteristics and variable characteristics. Sixteen of twenty-three quantitative characteristics and five of twelve qualitative characteristics showed significant differences among populations. We argued that the population differentiation can accounted for the variation in phenetic characteristics such as spine in this species, but were less successful in accounting for variation in other traits. Within a polystatistic leaf structure, their morphological differences could be modulated by ecological pressure such as temperature, altitude, duration of sunshine, and solar radiation. The phenogram showed two distinct clades. One was a group in central Korea and the other was a group in the southern regions of Korea. If morphological characteristics in R. crataegifolius populations reflect their ecological niche, morphology should be regarded with caution as the main criterion for population studies in R. crataegifolius.

Phycocyanin locus내의 DNA Polymorphism에 의한 한국산 Cyanobacteria의 유전적 다양성 (Genetic Diversity of Korean Cyanobacteria determined by DNA polymorphisms within the Phycocyanin Locus)

  • 박진숙;권주리;유순애
    • 미생물학회지
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    • 제36권4호
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    • pp.249-253
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    • 2000
  • Cyanobacteria의 광합성 보조색소인 phycocyanin의 PC operon(cpc gene)을 PCR로 증폭하고, 제한효소로 처리하여 RFLP pattern을 비교하였다. Intergenic spacer sequence를 포함한 cpc gene은 실험에 사용한 cyanobacteria 균주 모두에게 증폭되었으며, 산물의 size는 약 700 bp였다. PCR산물을 5종의 제한효소로 처리한 결과 AluI, MspI, HaeIII는 같은 속내으ㅐ 균주간에 동일한 pattern을 나타내어 속 구분이 가능하였으며 CfoI은 Anabeana와 Synechocystis속의 균주간에 구별되는 양상을 나타내어 속내 균주 구별에 유용하였다. Restriction enzyme profile에 의한 phenogram에서 Anabeana, Chlorogloea, Synechyhocystis는 각각 하나의 cluster를 형성하여 cyanobacteria의 분류에 PC-IGS의 RFLP pattern이 유용함을 알 수 있었다.

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cpDNA와 ITS 염기변이에 근거한 신품종 생장알로에 유전적 상관관계 (Genetic relationship of Aloe vera 'Saengjang', a new forma, based on cpDNA and ITS sequence variation)

  • 크리쉬나모르씨;장선일;황성수
    • 식물분류학회지
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    • 제44권4호
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    • pp.250-256
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    • 2014
  • 본 연구는 3개의 색소체 matK, trnL-F, rbcL DNA 염기서열과 1개의 핵 ITS DNA 염기서열을 근거로 한국산 Aloe 3종 A. arborescens, A. vera 그리고 A. saponaria 등과 하나의 변이종 알로에의 유전적 상관관계를 알고자 수행되었다. 전체 2,420 bp 서열이 증폭되었다. 두 개의 삽인-결실(indel)이 trnL 지역에서 확인되었고, 또한 여러 개의 종 특이적인 염기자위가 전체 29개의 최소변이 정보지역(parsimonious informative site)에서 확인되었다. 조사된 한국산 4 종간에는 148 염기변이 지역이 있었으며, 세계산 Aloe 종들을 포함한 비교해서는 170개의 변이지역 중 75개의 최소변이 지역이 확인되었다. UPGMA를 이용한 phenogram에서 새로운 변이종 알로에는 A. vera와 가장 가깝게 유집되었다. 변이종 알로에는 아직까지 보고된 어떤 종류의 Aloe속내 종과 형태적 및 유전적으로 일치하지 않았다. 조사된 알로에 종들의 유집분석 결과는 기존의 연구결과와 일치하였다.

RAPD분자마커를 이용한 칡(콩과) 및 근연분류군의 유전적 변이 및 유연관계 (Genetic Variations and Phylogenetic Relationship of and Pueraia lobata Ohwi (Fabaceae) and Related Taxa by RAPD Makers)

  • 김동갑;장대식;김진숙;김주환
    • 한국자원식물학회지
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    • 제22권5호
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    • pp.446-453
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    • 2009
  • 동아시아에 분포하는 콩과에 속하는 칡 1종의 13집단과 근연분류군 2종의 4집단 등 총 17개의 개체군에 대하여 유전적 유연관계 및 종간 특이적인 분류학적으로 유용한 분자마커를 알아보기 위해 RAPD 분석을 실시하였다. 15개의 oligo primer를 이용한 효소중합반응을 통해 증폭된 RAPD 절편들은 200 bp에서 2,800 bp 사이의 구간에서 관찰되었다. 이중 유효한 polymorphic band makers는 총 208개, monomorphic bands는 3개를 확인하였으며, 칡의 종 특이적 분자마커는 4개로 확인되었다. 이러한 자료에 근거하여 칡속의 17개 개체군 집단에 대한 UPGMA 분석을 실시하였다. 도출된 UPGMA phenogram에서 한국산 칡 9개체군과 국외산 칡 3개체군이 각각 독립적인 두 개의 작은 유집군을 형성하였으며, 이후 두 유집군이 하나로 크게 유집되어 다른 칡 근연분류군과는 뚜렷하게 구분되었다. 따라서 RAPD 분석은 칡과 근연분류군간의 유연관계 분석 및 한국산과 국외산 집단의 원산지판별에 매우 유용한 분자마커로 생각된다.

한국산 광의의 붉나무속(Rhus L. sensu lato)의 수리분류학적 연구 (Numerical taxonomy of Rhus sensu lato (Anacardiaceae) in Korea)

  • 도재화;김주환
    • 식물분류학회지
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    • 제34권3호
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    • pp.205-220
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    • 2004
  • 한국산 광의의 붉나무속(Rhus) 6분류군간의 한계를 검토하기 위하여 28집단에 대한 67개의 외부형태학적 형질을 기초로 주성분분석과 군집분석의 수리분류학적 연구를 실시하였다. 47개의 정량형질을 기초로 한 주성분분석 결과에서는, 주성분 1, 2, 3이 전체분산값의 77.9%(주성분1 35.2%, 주성분2 22.5%, 주성분3 20.2%), 또한 20개의 정성형질을 기초로 한 분석결과에서는, 주성분 1, 2, 3은 전체분산에 대해 90.7%(주성분1 37.7%, 주성분2 33.0%. 주성분3 20.0%)를 설명 할 수 있는 것으로 나타났다. 주성분적재값을 기초로 하여 공간배열을 실시한 결과, 조사된 분류군들은 종집단 간에 뚜렷한 한계를 보이며 유집되었다. 또한, 단순유집계수에 의한 군집분석을 수행하여 UPGMA 표현도를 작성한 결과, 각각의 분류군 사이에는 뚜렷한 한계를 보였다. 군집분석 결과, 한국산 광의의 붉나무속 식물의 분류에는 정성적 형질이 유용한 것으로 나타났으며, 수리분류학적 연구는 한국산 광의의 붉나무속 6분류군의 분류학적 한계설정에 매우 유용한 것으로 나타났다.