• 생명과학회지
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• 제23권10호
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• pp.1260-1266
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• 2013

본 연구에서는 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 ribosomal DNA (rDNA) cluster의 분석이 수행되었다. Small subunit (SSU)와 intergenic spacer 2 (IGS 2)는 부분적으로 염기서열이 결정되었고, internal transcribed spacer 1 (ITS 1), 5.8S, internal transcribed spacer 2 (ITS 2), large subunit (LSU), intergenic spacer 1 (IGS 1), 5S는 완전하게 염기서열이 결정 되었다. 팽이버섯 H. marmoreus 3-10균주와 H. marmoreus 1-1균주의 rDNA cluster는 총 7,049 bp로 결정되었다. SSU은 1,796 bp, ITS1은 229 bp, 5.8S은 153 bp, ITS2는 223 bp, LSU은 3,348 bp, IGS1은 390 bp, IGS2은 900 bp로 염기서열이 분석되었다. 결정된 rDNA cluster의 총 7,049 bp 중에서 17 bp가 다름이 확인되었고, 각각 SSU (2 bp), ITS (3 bp), LSU (9 bp), IGS (3 bp)에서 차이를 확인하였다. ITS regions의 2차 구조 결과 5개의 stem-loop가 있음이 드러났다. 흥미롭게도, 이들 stem-loop 사이에서 stem-loop V에서 한 개의 상이한 염기가 다른 2차 구조를 나타냄을 확인하였다.

• 생명과학회지
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• 제22권1호
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• pp.62-73
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• 2012

본 연구는 팽이버섯(Flammulina velutipes)의 국내 균주와 외래 균주간의 유전적 유연관계를 조사하기 위하여 수행되었으며, 계통수 측정 결과 3개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 20개 F. velutipes 균주들의 ITS region 염기 서열을 확보하였으며, 이들 서열을 바탕으로 multiple alignment를 보았으며, Neighbor-joining method를 이용하여 계통수를 작성하였으며, 2개 그룹으로 나눠짐을 확인하였다. 또한 F. velutipes 4154 균주의 rDNA-cluster를 최초로 분석한 결과, 총 10,974 bp임을 밝혔다. SSU는 1,806 bp, ITS region은 553 bp의 염기배열이 결정되었다. ITS 1 부분은 245 bp이고 ITS 2는 308 bp였으며, LSU에 해당되는 염기서열은 3,402 bp, IGS 1은 1,400 bp, 5S는 83 bp, IGS 2는 3,571 bp임을 확인하였다.

• 한국균학회지
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• 제27권2호통권89호
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• pp.124-131
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• 1999

본 실험은 진흙버섯류 7종 15균주에 대한 5.85 rDNA와 ITS 부위의 염기서열을 비교 분석함으로서 종간 및 종내의 유연관계를 조사하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하고자 18S rDNA의 3'말단 부위와 28S rDNA의 5'말단 부위에 두 개의 primer를 이용하여 PCR증폭을 행하였다. 5.8S rDNA와 ITS 부위를 증폭하여 염기서열을 비교 분석한 결과 본 실험에 공시된 Phellinus속의 제균종은 크게 4개의 cluster를 형성하였다. 첫 번째 cluster는 Phellinus hartigii IMSNU 32041, Phellinus robustus IMSNU 32068로 이루어졌고, 두 번째 cluster는 Phellinus linteus KCTC 6190, IMSNU 31014, DGUM 25003, DGUM 25004, Phellinus sp. DGUM 25007, Namsan No. 1과 Phellinus weirianus IMSNU 32021, 세 번째 cluster는 Phellinus laevigatus KCTC 6229, KCTC 6230과 Phellinus igniarius KCTC 6227, KCTC 6228로 이루어졌으며, Phellinus chrysoloma KCTC 6225와 KCTC 6226이 마지막 cluster를 형성하였다. 결과적으로 ITS 염기서열의 결과만으로 볼 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus는 명확하게 종 단위의 개념을 정립할 수 없었다. 따라서 정확한 분류를 위해 생리학적, 분자생물학적 인 분류방법이 첨가되어야 하며, type strain에 대한 ITS 염기서얼도 결정되어야 한다. Phellinus속의 균들에서는 ITS2부위에 비해 ITS1부위의 변이율이 높았다. ITS 염기서열은 종 구분에 유용한 도구이며, 다른 균종들과 비교해 보았을 때 Phellinus linteus와 Phellinus weirianus에서만 ITS1 부위에서 특이적인 염기서열을 가지고 있었다.

• 한국잠사학회:학술대회논문집
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• 한국잠사학회 2003년도 International Symposium of Silkworm/Insect Biotechnology and Annual Meeting of Korea Society of Sericultural Science
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• pp.24-27
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• 2003

The ribosomal RNA gene (rDNA) cluster was located in the nucleolus organizer and was genetically determined as one locus. We speculated by using sequence differences in the functional rDNA unit that the segregation time between Chinese and Japanese types of B. mandarina is about three million years ago. The differences of the amount of inserted non-LTR retrotransposons, R1Bm and R2Bm, in rDHA cluster were used for the identification of B.mori strains. (omitted)

• The Plant Pathology Journal
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• 제20권4호
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• pp.264-270
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• 2004

Fusarium oxysporum f. sp. fragariae is a fungal pathogen causing strawberry wilt disease. The random amplified polymorphic DNA (RAPD) and restriction fragment length polymorphisms (RFLPs) of intergenic spacer (IGS) region of rDNA were used to identify genetic variation among 22 F. oxysporum f. sp. fragariae isolates. All isolates could be distinguished from each other by RAPD analysis and RFLP of 2.6 kb amplified with primer CNS1 and CNL12 for IGS region of rDNA. Cluster analysis using UPGMA showed eight distinct clusters based on the banding patterns obtained from RAPD and rDNA RFLP. These results indicate that F. oxysporum f. sp. fragariae isolates are genetically distinct from each other, There was a high level genetic variation among F. oxysporum f. sp. fragariae.

• 미생물학회지
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• 제43권3호
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• pp.210-216
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• 2007

개량된 manual법과 ISOIL kit를 이용하여 산림토양의 부식층 토양시료로부터 추출한 DNA를 대상으로 16S rDNA PCR 증폭산물을 cloning하고 구축된 clone에 대해 ARDRA cluster분식을 수행한 결과, 개량된 manual법에 의해 구축된 136 clones은 45개 ARDRA cluster로, ISOIL kit를 이용한 경우 충 76 clones은 44개 ARDRA cluster로 분류되었다. 각clone cluster로부터 대표 clone을 선발하여 16S rDNA염기서열을 결정한 결과, ISOIL kit의 경우 44개 대표clone은 ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-,\;{\delta}-Proteobacteria$, Acidobacteria 및 Actinobacteria의 3개 phylum계통군이 확인되었으며, 개량된 manual법에 의한 45개 대표 clone은 ${\alpha}-,\;{\beta}-,\;{\gamma}-,\;{\delta}-Proteobacteria$, Acidobacteria, Bacteroides, Verrucomicrobia, Planctomycetes, 그리고 Gemmatomonadetes의 충 6개 phylum의 다양한 계통군이 검출되었다. 이상의 결과로부터 개량된 manual법에 의래 추출된 DNA를 대상으로 계통학적 군집해석을 수행한 결과가 보다 더 다양한 계통군을 검출할 수 있음이 밝혀졌다. 한편, ISOIL kit를 이용하여 구축된 총clone중 약40%가${\alpha}-proteobacteria$ 계통군에 속하였으며, 약 30%가 ${\gamma}-Proteobacteria$ 계통군에 속하여 우점 계통군으로 확인된 반면, manual법에 의해 구축된 clone의 41%가 Acidobacteria 계통군에 속하였고 ${\alpha}-proteobacteria$(28%)가 우점 계통군으로 분포하는 계통학적 특징을 나타내어 DNA추출법에 따라 토양 세균군집 구조의 계통학적 특성 이 상이하게 나타나고 있음을 알 수 있었다.

• 식물병연구
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• 제17권1호
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• pp.99-101
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• 2011

자낭균인 Taphrina wiesneri는 한국의 공원과 가로수에 주로 식재되는 왕벚나무에 빗자루병을 일으키는 병원균이다. 한국과 일본에서 분리한 13개의 병원균에 대해 18S rDNA 염기서열 분석을 통한 계통학적 분석과 rDNA-IGS 영역에 대한 RFLP 분석을 실시하였다. 18S rDNA 염기서열 분석을 통한 계통도 분석결과 병원균은 2그룹으로 분류되었다. Hha I 제한효소를 이용한 rDNA-IGS 영역에 대한 RFLP 분석결과 B, C, D, G 4개의 패턴으로 나타났으며, 그중 G 패턴은 새로운 패턴이었다.

• ALGAE
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• 제24권3호
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• pp.129-138
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• 2009

DNA-based discrimination of species is a powerful way for morphologically otherwise similar species, like centric diatoms. Here, the author sequenced long-range nuclear ribosomal DNAs, spanning from the 18S to the D5 region of the 28S rDNA, of Stephanodiscus, particularly including a Korean isolate. By comparisons, high DNA similarities were detected from the rDNAs of nine Stephanodiscus (>99.4% in 18S rDNA, >98.0% in 28S rDNA). Their genetic distances, however, were significantly different (Kruskal-Wallis test, p < 0.01) compared to two related genera, namely Cyclotella and Discostella. In addition, genetic distances of 18S rDNAs were significantly different (Student’s t-test, p = 0.000) against those of the 28S rDNAs according to individual genera (Cyclotella, Discostella, and Stephanodiscus). Phylogenetic analyses showed that Stephanodiscus and Discostella showed a sister taxon relationship, and their clade was separated from a cluster of Cyclotella (1.00 PP, 100% BP). This suggests that Stephanodiscus has highly conserved sequences of both 18S and 28S rDNA; however, Stephanodiscus is well-separated from other freshwater centric diatoms, such as Cyclotella and Discostella, at the generic level.

• Journal of Life Science
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• 제11권2호
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• pp.126-134
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• 2001

The phylogenetic tree displayed the presence of five groups in the Phellinus genus, which were distinguished based on their morphology. Most of the p. linteus appeared a cluster which was highly significant with the exception of P. linteus KACC 500122 and KACC 500411. They formed the sister taxa of P 1inteus where P. baumii, Phellinus sp. MPNU 7003, MPNU 7007, and MPNU 7010 had similar morphological characteristics. Also, P. nigricans IMSNU 32024 and P. pini var, carniformans IMSNU 32031 were grouped in the same cluster with P. igniarius KCTC 6227, KCTC 6228, and P. chrysoloma KCTC 6225 extracted from the Gen-Bank database. P. torulosus IMSNU 32028 and Phellinus sp. MPNU 7011 formed a closed group, however, these species had a distant taxa when compared with the other Phellinus species. The nucleotide sequences of the internal transcribed spacer (ITS) regions of ribosomal DNA (rDNA) including the 5.85 rDNA were determined from 24 strains of the Phellinus genus in order to analyze their phylogenetic relationship. These fungi were divided into two basic groups based on their ITS length, however, this grouping was different from that based on their morphological characteristics. Although various ITS sequences were ambiguously aligned, conserved sites were also identified. Accordingly, a neighbor-joining tree was constructed using the nucleotide sequence data of the conserved sites of the ITS regions and the 5.8S rDNA.

• 환경생물
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• 제22권1호
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• pp.66-74
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• 2004

한국에 분포하고 있는 개구리 속에 대한 염기서열을 결정하고 상호 비교하여 종간 유전적 변이 정도를 밝히고자 한국산 개구리 속 6종과 일본산 개구리 속 1종에 대한 미토콘드리아 165 rDNA를 분석하였으며, Gene-bank에 수록된 일본산 산개구리류 3종도 함께 비교 분석하여 총 437 bp의 염기서열을 결정하였다. 산개구리류 7종에 대한 similarity는 91.3∼97.3％이며, 참개구리류는 96.1∼97.3％로 나타났다. 또한, 참개구리류와 옴개구리류의 genetic distance가 참개구리류와 산개구리류보다 더 가깝게 나타났다. Neighbor-joining분석에서 참개구리류와 산개구리류로 2개의 cluster를 형성하였는데, 이 중산개구리류는 총 3개의 subcluster를 형성하였다. 또한, 참개구리는 내륙지방과 도서지방에 분포하는 집단이 각각 나눠지는 것은 지리적 격리에 의한 결과라고 사료된다. Maximum-likelihood분석도 NJ 분석 결과와 매우 유사하게 나타났으나 옴개구리(R. rugosa)는 NJ와 ML분석에서 서로 상반된 결과를 나타냈다. 이는 한국산 옴 개구리가 남부지역과 기타 지역에서 유전적 차이가 크게 나타나며, 일본 집단과 외부 특징에서 차이를 보이는 등 문제점을 가지고 있기 때문에 보다 다양한 연구가 이루어져야 올바른 해석 이 가능하리라 판단된다.