• 대한화학회지
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• 제54권2호
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• pp.215-221
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• 2010

살모넬라는 음식과 식수에서 흔히 나오는 중요한 병원체로 세계 곳곳에서 급성 위장염과 같은 감염증을 일으키며, 일반적으로 인간의 혈청형 임상종으로는 Salmonella enterica의 혈청형인 S. Typhimurium과 S. Enteritidis가 있다. 일반적인 검출 방법으로 살모넬라를 기본으로 하여 선택적인 배양으로 샘플을 수집하였고 살모넬라를 일으키는 군체의 특징을 생화학과 혈청학상인 테스트를 하였으나 이러한 방법들은 일반적으로 시간이 걸리고 높은 감도를 보이지 않았다. 최근, 등온증폭반응법과 real-time PCR법을 이용하여 높은 감도, 특이성으로 현재 병원성 박테리아에 빠르게 수행할 수 있게 되었다. 본 연구에서는 등온증폭반응과 real-time PCR법을 사용하여 S. Typhimurium과 S. Enteritidis의 검출하였다. 선택적인 타겟 유전자로, invA를 살모넬라종의 염기서열에 특이적으로 임의복제 하였다. 등온증폭반응과 real-time PCR은 살모넬라종으로부터 임의의 염기서열을 증폭하여 검출하였고, invA는 S. Typhimurium과 S. Enteritidis의 두 가지 종을 모두 검출하였다. 이러한 등온증폭반응과 real-time PCR법으로 S.Typhimurium과 S. Enteritidis의 검출 가능성을 보였으며, 살모넬라 종에 대한 특이성, 민감성을 갖춘 유용한 검출방법을 제시하였다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제20권12호
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• pp.117-124
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• 2019

비브리오 콜레라는 수산물과 선박평형수 내에서 모니터링되고 있는 중요 병원성 박테리아이다. 이를 검출하기 위한 여러 방법들이 개발되어 왔으나, 시간 소모가 크고 민감도에서 한계가 있었다. 본 연구는 비브리오 콜레라를 보다 정확하게 검출하기 위한 방법을 개발하는 목적으로 수행하였다. PNA 기반 비대칭 real-time PCR 기술에 적용하기 위하여 펩티드 핵산(Peptide nucleic acid, PNA) 프로브를 개발하였다. 독성 유전자인 Cholera enterotoxin subunit B (ctxB)를 비브리오 콜레라 검출을 위한 타겟 유전자로 선정하고, conventional PCR과 real-time PCR을 위한 positive template를 합성하였다. Real-time PCR 프라이머와 PNA 프로브를 디자인하여, 정량 분석을 위한 표준곡선 실험을 수행하였다. 선택된 PNA 프로브는 비브리오 콜레라에 특이적으로 반응하였으며, 검출한계는 0.1 cfu/100 mL이었다. 종합해 보면, 본 연구에서 개발된 PNA 프로브와 비대칭 real-time PCR 방법은 수산물과 선박평형수 뿐만 아니라 해양환경에 있는 비브리오 콜레라를 신속하고 정확하게 모니터링할 수 있는 기술로 판단된다.

• 한국임상수의학회지
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• 제37권1호
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• pp.23-27
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• 2020

Between May and November 2018, babesiosis was examined in 162 bloods samples obtained to an animal hospital in Jeju island for anemia and medical examination. Sixty-two of 162 (38.3%) were positive by PCR. The ultra fast real-time PCR test with blood directly analyzed without DNA extraction showed the same results. Accurate diagnosis, treatment and prognosis of babesiosis should be combined with clinical symptoms, blood tests, the babesia antibody test, and the PCR antigen test. Ultra fast real-time PCR, with these tests, is expected to be a point-of-care testing (POCT) for easy, fast and accurate diagnosis of babesiosis in the veterinary clinic.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제27권4호
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• pp.816-824
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• 2017

Human noroviruses are widespread and contagious viruses causing nonbacterial gastroenteritis. Real-time reverse transcription quantitative PCR (real-time RT-qPCR) is currently the gold standard for the sensitive and accurate detection of these pathogens and serves as a critical tool in outbreak prevention and control. Different surveillance teams, however, may use different assays, and variability in specimen conditions may lead to disagreement in results. Furthermore, the norovirus genome is highly variable and continuously evolving. These issues necessitate the re-examination of the real-time RT-qPCR's robustness in the context of accurate detection as well as the investigation of practical strategies to enhance assay performance. Four widely referenced real-time RT-qPCR assays (Assays A-D) were simultaneously performed to evaluate characteristics such as PCR efficiency, detection limit, and sensitivity and specificity with RT-PCR, and to assess the most accurate method for detecting norovirus genogroups I and II. Overall, Assay D was evaluated to be the most precise and accurate assay in this study. A ZEN internal quencher, which decreases nonspecific fluorescence during the PCR, was added to Assay D's probe, which further improved the assay performance. This study compared several detection assays for noroviruses, and an improvement strategy based on such comparisons provided useful characterizations of a highly optimized real-time RT-qPCR assay for norovirus detection.

• 한국식품위생안전성학회지
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• 제23권2호
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• pp.121-128
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• 2008

본 연구는 Lightcycler (Roche)를 이용한 Real-Time PCR(LC-PCR)기법을 통하여 원유시료에서 신속, 정확하게 황색포도상구균을 검출하는 기법을 개발하고자 하였다. coagulase 전구체를 coding하는 113 bp의 coa 유전자의 증폭, melting curve 분석 및 DNA염기서열을 분석하여 황색포도상구균 특유의 유전자 검출하는 기법을 개발하였다. 또한 분리된 균주중 메치실린에 내성을 나타내는 균주를 검출하고자 penicillin-binding protein, PBP2a (mecA)를 coding 하는 209 bp의 mecA 유전자의 증폭, melting curve 분석 및 DNA염기서열을 분석하여 메치실린내성 황색 포도상구균을 real-time PCR 기법으로 검출하는 기술을 개발하였다. 본 실험에 따르면 647개의 원유시료중 6개의 시료에서 황색포도상구균이 검출되었으며 이중 2개의 시료에서 분리된 황생포도상구균이 메치실린내성 황색포도상구균임을 확인하였다. 또한 DNA 검출한계는 10 fg으로 기존 PCR에 비해 매우 감도가 우수한 것을 확인하였다. 또한 3개의 원유시료에서 돼지나 소의 삼출성 피부염의 원인균인 Staphylococcus chromogenes가 분리되었다.

• Fisheries and Aquatic Sciences
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• 제24권11호
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• pp.351-359
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• 2021

The red sea bream iridovirus (RSIV) belonging to genus Megalocytivirus is responsible for red sea bream iridoviral disease (RSIVD) in marine and freshwater fishes. Although several diagnostic assays for RSIV have been developed, diagnostic sensitivity (DSe) and specificity (DSp) of real-time polymerase chain reaction (PCR) assays are not yet evaluated. In this study, we developed a TaqMan probe-based real-time PCR method and evaluated its DSe and DSp. To detect RSIV, the probe and primers were designed based on consensus sequences of the major capsid protein (MCP) genes from megalocytiviruses including RSIV, infectious spleen and kidney necrosis virus (ISKNV), and turbot reddish body iridovirus (TRBIV). The probe and primers were shown to be specific for RSIV, ISKNV, and TRBIV-types megalocytiviruses. A 95% limit of detection (LOD_95%) was determined to be 5.3 viral genome copies/µL of plasmid DNA containing the MCP gene from RSIV. The DSe and DSp of the developed real-time PCR assay for field samples (n = 112) were compared with those of conventional PCR assays and found to be 100% and 95.2%, respectively. The quantitative results for SYBR Green and TaqMan probe-based real-time PCR were not significantly different. The TaqMan probe-based real-time PCR assay for RSIV may be used as an appropriate diagnostic tool for qualitative and quantitative analysis.

• 한국어병학회지
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• 제31권2호
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• pp.101-107
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• 2018

여윔증상이 나타난 양식장(farm-B 및 farm-C)의 넙치 및 여윔증상이 나타나지 않은 양식장(farm-A) 넙치의 각 내부 장기(신장, 장, 비장, 뇌 및 간)를 대상으로 점액포자충 Parvicapsula sp.의 양적 분석을 real-time PCR 방법을 사용하여 각각 실시하였다. 여윔증상을 보였던 farm-C의 넙치 신장에서 가장 높은 DNA copy number ($1.7{\times}10^7copies/mg$ tissue)를 보였고, farm-B의 넙치에서는 모든 내부 장기에서 낮은 수치가 나타났으며, farm-A의 넙치에서는 모든 내부 장기에서 음성 결과를 나타내었다. 동일한 시료를 사용한 PCR 및 병리조직학적 분석에서도 real-time PCR에서의 결과와 같은 양상을 보였다.

• 한국축산식품학회지
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• 제30권3호
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• pp.410-418
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• 2010

황색포도상구균은 사람과 동물에서 화농성 질환과 위장관계 질환을 일으키는 세균으로 자연계에 널리 상재하며 식품으로의 감염이 일어날 수 있어 식중독의 원인이 된다. 이에 신속하고 정확한 황색포도상구균의 검출이 요구되는 실정이다. 본 연구에서는 상재균의 오염도가 다른 다양한 축산 가공식품과 비가공식품에서 황색포도상구균의 검출을 위해 표준 시험법인 배지법과 자체 개발한 real-time PCR법의 검출도를 비교하였고 황색포도상구균 coagulase 확인시험과 real-time PCR법을 활용한 colony PCR 확인 시험을 비교하여 균 동정 능력을 비교하였다. 상재균 수가 적은 식품인 우유와 소시지 그리고 상대적으로 상재균수가 많은 생 돼지고기와 야채 샐러드를 샘플로 선정하여 인위적으로 500 g 혹은 mL의 샘플을 25 g씩 20개의 시료샘플로 나누어 실험하였을 때에 최소한 한 개 이상 양성 결과가 나오도록 황색포도상구균을 접종하여 배지법과 realtime PCR법을 시행하여 검출능력을 비교하였다. 배지법에서 획득한 의심 집락의 확인 동정은 coagulase 시험과 realtime PCR법을 활용한 colony PCR 확인시험을 병행하여 비교하였으며 각각의 결과를 real-time PCR법으로 신속 검출한 결과와 비교하였다. 식품 내 상재균 수가 적은 축산 가공식품인 우유나 소시지 등에서 황색포도상구균을 검출할 경우에는 배지법의 coagulase 확인시험과 colony PCR 확인시험과의 유의차가 없었으며 colony PCR 확인시험을 이용한 확인동정 결과와 real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출 결과 사이에도 역시 유의차가 없었다. 반면에 상대적으로 상재균수가 많은 비가공식품인 생 돼지고기나 야채 샘플에서는 coagulase 시험법을 사용한 황색포도상구균의 확인동정은 유효성이 매우 떨어졌으며 colony PCR 확인시험 결과와 유의적인 차이를 보였다. Real-time PCR법을 사용한 24시간 신속 검출법은 배지법의 coagulase 시험법의 양성 수보다 낮은 검출률을 보였으나 colony PCR 확인시험보다 높은 검출률을 보여 상재균 수가 높은 샘플에서도 배지법을 대체해서 사용할 수 있는 효율적인 방법임을 보여주었다. 이러한 결과를 종합해 볼 때 본 연구에서 개발한 realtime PCR법은 기존 배지법을 대체하여 24시간 이내에 신속하게 황색포도상구균을 검출할 수 있고 coagulase 확인 시험을 대체할 수 있는 방법으로 여겨진다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제36권3호
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• pp.173-181
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• 2008

소의 혈액, 세포, 조직, 기관 등은 생물의약품과 조직공학제제, 세포치료제의 원료로 널리 사용되고 있다. 소유래 물질을 원료로 사용한 제제의 경우 소유래 원료 물질에 다양한 바이러스가 오염된 사례가 있기 때문에 바이러스 안전성 검증이 필수적이다. BPV는 소에게 가장 흔하게 감염되는 바이러스 중의 하나이다. 소유래 물질을 원료로 하는 생물의약품, 조직공학제제, 세포치료제 등에서 BPV 안전성을 확보하기 위해, 원료물질, 제조공정, 완제품에서 BPV를 정량적으로 검출하고, 제조공정에서 BPV 제거 검증을 위한 시험법으로 활용이 가능한 BPV real-time PCR 시험법을 확립하였다. BPV에 특이적인 primer를 선별하였으며, 형광염료 SYBR Green I을 사용하여 BPV DNA 정량 검출 시험법을 최적화하였다. 세포배양법에 의한 감염역가와 비교한 결과 real-time PCR 민감도는 $1.3{\times}10^{-1}\;TCID_{50}/mL$이었다. 확립된 시험법의 신뢰성(reliability)을 보증하기 위해 시험법 검증을 실시한 결과 특이성(specificity)과 재현성 (reproducibility)이 우수함을 확인하였다. 확립된 real-time PCR을 생물의약품 제조공정 검증에 적용할 수 있는지 확인하기 위하여 인위적으로 BPV를 오염시킨 CHO 세포주와 소유래 콜라겐에서 BPV 검출 시험을 실시하였다. BPV를 감염시킨 CHO 세포에서 세포변병효과를 관찰할 수 없었지만, 세포와 세포배양 상청액에서 BPV를 정량적으로 검출할 수 있었다. 소유래 콜라겐에서도 $1.3{\times}10^0\;TCID_{50}/mL$까지 정량적으로 검출할 수 있었다.

• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제31권12호
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• pp.3525-3529
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• 2010

Tyrosine kinase inhibitors (TKIs) are currently used in the treatment of patients with advanced lung cancer. Recent studies on non-small cell lung cancer have shown that some patients carry somatic mutations in the epidermal growth factor receptor (EGFR) gene. Such mutations correlate with the effectiveness of certain TKIs. To detect a small amount of mutant EGFR among an abundance of wild-type EGFR, we have developed a highly sensitive and simple method using PNA-mediated real-time PCR clamping. The PNA-mediated real-time PCR clamping enables detection of EGFR mutants down to approximately 1% mutant -to- wild type. The total assay time was short as it required only 2.0 hr. Thus, PNA-mediated real-time PCR clamping can easily be applied to clinical samples for identification of DNA carrying EGFR mutations and also appear to be the best assay to detect somatic mutations.