Korean Journal of Agricultural Science (농업과학연구)

Institute of Agricultural Science, CNU (충남대학교 농업과학연구소)
권호 표지

In silico Analysis of PERVs Based on the Porcine Genomic Sequence Information

돼지 유전체 염기서열을 이용한 내인성 리트로 바이러스 분석에 관한 연구

  • Yu, Seong-Lan (Division of Animal Science and Resources, Chungnam National University) ;
  • Lee, Jun-Heon (Division of Animal Science and Resources, Chungnam National University)
  • 유성란 (충남대학교 농업생명과학대학 동물자원생명과학전공) ;
  • 이준헌 (충남대학교 농업생명과학대학 동물자원생명과학전공)
  • Received : 2009.09.28
  • Accepted : 2009.12.08
  • Published : 2009.12.30
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Abstract

This study was conducted to identify the PERV (Porcine Endogenous Retrovirus) integration sites and their characterizations using the porcine genomic sequence information. Total 114 Mb (4.2%) sequence of the 2.7 Gb pig genome was investigated for the PERV sequences. As the results, 8 PERV sequences were identified and their genomic structures were deduced from the BLAST searches against previously known PERV genes. Seven PERVs have internal deletions in the protein coding region and they will not be functional. The other one also has internal deletions in the gag and env genes, indicating this PERV is also defective. Even though we could not identify the functional PERVs in this study, the results presented here can be used for the fundamental research materials for controlling PERV infections in relation to xenotransplantation using porcine organs and tissues.

본 연구는 현재까지 발표된 돼지의 genomic sequence 정보를 이용하여 PERV들의 정확한 삽입 위치를 파악하고 그들의 특성을 분석하고자 실시하였으며 총 2.7 Gb인 돼지 genome 염기서열 중 4.2%인 114 Mb의 염기서열에서 PERV sequence를 확인한 결과 총 8개의 PERV sequence를 확인할 수 있었다. 확인된 PERV sequence중 7개는 유전자내에 deletion이 확인되었으며 나머지 한 개의 PERV도 gag와 env 유전자에 stop codon이 확인되어 정상적인 PERV로 발현되지 않을 것으로 추정되었다. 본 연구는 돼지를 이용한 이종장기이식과 관련하여 PERV를 제어하기 위한 중요한 기초 연구 자료를 제공할 것으로 사료된다.

Keywords